| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,302,650 | C→A | 19.8% | M57I (ATG→ATT) | alkB ← | oxidative demethylase of N1‑methyladenine or N3‑methylcytosine DNA lesions |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,302,650 | 0 | C | A | 19.8% | 884.0 / 169.0 | 310 | M57I (ATG→ATT) | alkB | oxidative demethylase of N1‑methyladenine or N3‑methylcytosine DNA lesions |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (125/123); new base A (35/27); total (160/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
CGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTCAG > CP009273/2302503‑2302798 | cgccgTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACa > 1:1021911/1‑149 (MQ=255) gccgTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACAt < 1:1619063/149‑1 (MQ=255) ccgTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGAAATg < 2:3392879/149‑1 (MQ=255) 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aTAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTg > 1:3566062/1‑149 (MQ=255) tAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGa < 1:3859145/149‑1 (MQ=255) aaTTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGAcc < 1:4824694/149‑1 (MQ=255) aTTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCa > 2:2736646/1‑149 (MQ=255) aTTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCa > 2:2208305/1‑149 (MQ=255) 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cAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCAc > 2:1906689/1‑149 (MQ=255) gATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCa > 2:2560675/1‑149 (MQ=255) gATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCa > 2:1189873/1‑149 (MQ=255) tGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCACAACGCCGTAAAATTACCGCACCAgc > 2:3755234/1‑149 (MQ=255) gCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGAAATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAgcc < 2:3296690/149‑1 (MQ=255) aGTTGGTCATCGCCACCGACAGGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGt < 1:3279702/149‑1 (MQ=255) gTTGGTCATCGCCTCCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGAGACTGGCTGGCAAGTTCATTATTATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTg < 1:4895076/149‑1 (MQ=255) tGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGc > 2:1069324/1‑149 (MQ=255) tCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGctct < 1:1218519/149‑1 (MQ=255) tCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGctct < 1:634266/149‑1 (MQ=255) 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aCATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTCa > 1:2956446/1‑149 (MQ=255) cATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTCAg > 1:1402424/1‑149 (MQ=255) | CGCCGTAGCCGCACGTTGACATAAATTATGAAAACTCTGTGGCATGGCGGGCCACGGTTTATTTGTTTGCGGATCAATGGGCGAATAGAGATAACCTTGCCGATGGGTCGTCCAGCCCAGATGCCCACAGTTGGTCATCGCCACCGACATGGTATATCCCCCGGGGGTGACCATCTGGCGAAACGGCGACTGGCTGGCAACGTCATTAATATCGCGGATCAGTTGCTCCGCAGCGTTAAAAGCAAAACGCCGTAAAATTACCGCACCAGCCGCCAGTGGCTCTTGCCACGGTTCAG > CP009273/2302503‑2302798 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |