Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,367,110 | G→A | 5.3% | intergenic (‑93/+17) | pmrD ← / ← menE | inactive two‑component system connector protein/O‑succinylbenzoate‑CoA ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,367,110 | 0 | G | A | 5.3% | 1179.4 / 32.0 | 322 | intergenic (‑93/+17) | pmrD/menE | inactive two‑component system connector protein/O‑succinylbenzoate‑CoA ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (171/134); new base A (10/7); total (181/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 331 total aligned reads displayed.
AGTACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGAAACGGAGGGTTAATTATTGCTGACGTTGCACCCACTCTTTTAGCGCCTGACGTGAAATTTTAATACCGCCGTTTTTCAGCTCCGGCGGCAGAGTTAGCCAGCGCACCGGTTGTTGAAAACGGGCCAGCTTATCTTTCACCCATTC > CP009273/2366962‑2367258 | aGTACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAg < 1:3934631/149‑1 (MQ=255) tACATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTg > 1:142722/1‑149 (MQ=255) aCATGTCTGTTATCTTGTTTATTGCAGCACGATTTTTTGACCAGCCATTCCATTGCATTATCCTGTTTGCTAAGAGTTTTCACATCAATTTACAGATTAACAGATAAACTCTTTATCAACGGCAATGGAATGGCAGAAATGAGAAGTGa > 1:3219161/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |