Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 234,984 | G→T | 13.6% | I80I (ATC→ATA) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 234,984 | 0 | G | T | 13.6% | 452.3 / 12.7 | 190 | I80I (ATC→ATA) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/78); new base T (8/27); total (85/105) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 196 total aligned reads displayed.
ATTATTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTC > CP009273/234837‑235129 | attattACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGa < 1:1315994/149‑1 (MQ=255) ttattaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGAt > 2:3216698/1‑149 (MQ=255) ttaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTaa < 1:3343445/149‑1 (MQ=255) ttaCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTaa > 2:5057543/1‑149 (MQ=255) taCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAg < 1:2945048/149‑1 (MQ=255) aCCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGa < 1:529767/149‑1 (MQ=255) ccGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGaa < 2:2087193/149‑1 (MQ=255) cGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTAAGAAt > 1:144386/1‑149 (MQ=255) cAGGGTTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAATGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGATGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGa < 2:2410018/149‑1 (MQ=255) aGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATGAt > 1:2628066/1‑149 (MQ=255) aGGGGTGATAATTAGTATTGACATATACTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTtaataaatat > 1:581379/1‑145 (MQ=255) gggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAttt < 1:203631/149‑1 (MQ=255) ggTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGAtttt < 2:182932/149‑1 (MQ=255) gTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAATAATTATTtta > 1:1495309/1‑149 (MQ=255) gTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTtta > 1:809945/1‑149 (MQ=255) gATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatt > 2:883196/1‑149 (MQ=255) aTAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACTTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTttatta < 2:453247/149‑1 (MQ=255) tAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTtattat < 1:2651147/149‑1 (MQ=255) 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tATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGTTTAATAATTATTTtattatatttatt > 1:3928862/1‑142 (MQ=255) gACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑aaaa < 1:5121687/149‑1 (MQ=255) ccTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATg < 1:1662640/149‑1 (MQ=255) cTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGa < 1:2460588/149‑1 (MQ=255) tgACAACAGCAGCTATAAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTATTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAata < 2:3498248/149‑1 (MQ=255) 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cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaa < 1:2696073/149‑1 (MQ=255) tATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGaaa < 2:4886651/149‑1 (MQ=255) ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:4176536/149‑1 (MQ=255) ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc > 2:1973465/1‑149 (MQ=255) aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGa > 2:1606312/1‑149 (MQ=255) ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACAt > 2:1455001/1‑149 (MQ=255) ggTGATATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATATGAGTTTGCTGTTTTGTTATGTCTGTGGCTAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAATTTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACAt < 2:1142086/149‑1 (MQ=255) ttttACTATAGCTTTTATTAAAAATATATGTGTTAGCTGTATTTTTTTGTCTGTGGCTAAATTTACTACCTTCTTTTTTTTGATTAATAATGATTTTTTTATCTTAATT‑AAAATTAATTTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAc < 1:3426334/147‑1 (MQ=255) tACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAATT‑AAAAATACATGAATATTTAAAAATTAAAAAGACATTAAAACGa > 1:5014466/1‑149 (MQ=255) actatatCTATTATAAAAAATATAAGTTTTAGCTTTTTTTTTATGTCTGTGGCTAAATTCAATACCTTCTTTTTTTTTATTAATATTGATTTTATTATCTTAATT‑AAATTTACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGaa < 2:4373717/146‑1 (MQ=255) 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tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGAAATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATcc > 2:4805704/1‑149 (MQ=255) ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAAAGATTTTATTATCGTAAATAAAAATTAAAT‑AAAATTTAAAAAGGAAAACGAAAATAAAAAGAAGCACAGAAACAACAAtctcaa > 1:1131804/1‑147 (MQ=255) taAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCaa > 2:4997278/1‑149 (MQ=255) aGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAAATAAATGAATATTTAAAAAAGAAAAAGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAATCaaaaaa > 1:4492871/1‑149 (MQ=255) gTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAAATACATGAATATTTAAAAAGGAAAAAGACATGAAACCCAAGCACAGAATCAAAAATCACCAATAATAAAAAAtt > 1:2553016/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |