Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,595,292 | C→A | 6.6% | S39* (TCG→TAG) | hyfB → | hydrogenase 4, membrane subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,595,292 | 0 | C | A | 6.6% | 1202.1 / 35.0 | 325 | S39* (TCG→TAG) | hyfB | hydrogenase 4, membrane subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (140/158); new base A (18/9); total (158/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.91e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
GATCCCCTTTCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATC > CP009273/2595145‑2595440 | cccTTTCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAATCTTTCCGGCATCACATCGCtgg > 2:4503643/1‑149 (MQ=255) ttCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTggg < 1:4766232/149‑1 (MQ=255) ccTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGTTTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCGTCGCTGTTTTTACACGGTCTGGACCGACAGGCTAATAAGCTTTACGGCAACACATCGCAGGTGggcgg > 1:1123159/1‑149 (MQ=255) cactcaGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGt < 2:3899149/149‑1 (MQ=255) actcaGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTATATCTGTTTTCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCGATTAAGCTTTCCGGCCTCACATAGCTGGTGGGCGGCGTg > 2:561997/1‑149 (MQ=255) ctcaGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGa < 1:390322/149‑1 (MQ=255) caGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTTCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTTATAGGTGTGGACAGACTGGCGATTAAGCTTTACCGCAGCACAACGCAGGTGGGGGGCGTGAtt > 1:979864/1‑149 (MQ=255) ggAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGTTTCTCTATCTGGTTGGTAGTCTGGCGTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTgg > 1:2135290/1‑149 (MQ=255) aGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGca < 1:695022/149‑1 (MQ=255) aaCGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGcatca < 1:2198266/149‑1 (MQ=255) cGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCatcatc < 2:1252293/149‑1 (MQ=255) cTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCGGTTTTTACACGGTCTGGACAGACTGGCTATTAATCGTTACGGCATCACAACGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCAACAg > 1:4538577/1‑149 (MQ=255) tAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGAATCTCTATCTGTTTGCTAGTCGGGCTTCGCAGTTTGTACTCCGTCTGGACAGACTGGCTATAAACCTTTACGGCATCACAACCCTGGTGGGCGGCGGGATTGGCATCAACAGc > 2:4161865/1‑149 (MQ=255) aaTGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTATCTATCTGTTTTCTAGTATGGCTTCGCTGTTTTTTAACGGTCTGGTCAGAATGGGTATTAAGCTTTACGGCATCACATAGCTTGTGGGCGGCGTGATTTGCATCATCAGCg > 2:2179303/1‑149 (MQ=255) tGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGa < 1:4837606/149‑1 (MQ=255) gATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACAGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAAt > 2:2402656/1‑149 (MQ=255) tGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTa > 2:4715483/1‑149 (MQ=255) ccTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTATATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTAGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTACGGCATCACATAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGc > 2:1074552/1‑149 (MQ=255) tGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCaa < 1:4213206/149‑1 (MQ=255) cAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAAtt < 2:4604884/149‑1 (MQ=255) attattAACCTGGTCGCTGTTTCTCTATCTGTTTTCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTAATCGGTCTTGAAACAATGGCTATTAAGCATTACCGCATCACAACGCAGGTGGGCGGCGTGATTGGCAACATAAGCGGAAATAAGCAAATAc > 1:4169335/1‑149 (MQ=255) attaACCTGGTCGCTGATTCTATATCTGTTTTCTAGTATGGCTTAGCTGTTTTTAATCGGTCTGGACACACAGGCGATTAAGCTTTACCGCAAAACATACCGGGTGGGCGGCGTGATTTGCATCATCACCGGAAATAAGCAAATaaaag > 2:1422931/1‑145 (MQ=255) ttaACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTATGGCTTCGCTGTTTTTAATCGGTCTGGAAAGACTGGCTATTAAGCTTTACGGCATCACATAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAAATACGCCATTACATGc > 2:1806372/1‑149 (MQ=255) aaCCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTg < 1:1589402/149‑1 (MQ=255) ggTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTa < 1:1271562/149‑1 (MQ=255) gTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTaa > 2:3867929/1‑149 (MQ=255) gTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTaa < 1:401574/149‑1 (MQ=255) tCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAAc < 2:889158/149‑1 (MQ=255) tCGCTGAGTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAAc < 2:5038939/149‑1 (MQ=255) gCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACtt > 2:4342933/1‑149 (MQ=255) cTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACttt < 2:3232440/149‑1 (MQ=255) tGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTa > 1:4895555/1‑149 (MQ=255) ttCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTc < 1:3783292/149‑1 (MQ=255) ttCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTc < 1:1187793/149‑1 (MQ=255) ttCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTc < 1:2721869/149‑1 (MQ=255) ctctATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACAAGCTGGTGTAACTTTAGTCGc > 1:1919745/1‑149 (MQ=255) tctATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGcc > 1:4655336/1‑149 (MQ=255) cTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGttt > 2:1968309/1‑149 (MQ=255) gTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTg > 2:2067750/1‑149 (MQ=255) tttGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGc > 1:4428166/1‑149 (MQ=255) tAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGcccccc > 2:1866217/1‑149 (MQ=255) tAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGcccccc > 2:2243418/1‑149 (MQ=255) aGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACACGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGccccccc > 2:3651651/1‑149 (MQ=255) gTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTTACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCt < 2:3353158/149‑1 (MQ=255) gTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCt < 1:131612/149‑1 (MQ=255) tCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCtt < 2:762162/149‑1 (MQ=255) cTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTTCCCCCCCttt > 2:4892172/1‑149 (MQ=255) tGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCtttt > 2:5200671/1‑149 (MQ=255) tGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCtttt > 2:2862373/1‑149 (MQ=255) tGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACAGGCTATTAAGCTTTACGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATTCTGGTGTAACTTTATTAGCCCGTTTTGCCCCCCCtttt > 1:3628926/1‑149 (MQ=255) tGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCCGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCtttt < 2:4863463/149‑1 (MQ=255) tCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAAtt > 1:2527527/1‑149 (MQ=255) tCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAAtt < 2:4915908/149‑1 (MQ=255) cGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAAttt < 1:2354381/149‑1 (MQ=255) tGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGcc < 1:3051320/149‑1 (MQ=255) ttttACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGAt < 1:1694744/149‑1 (MQ=255) tttACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGAtt > 1:805880/1‑149 (MQ=255) tACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTa < 2:1850673/149‑1 (MQ=255) tACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTa > 2:3335470/1‑149 (MQ=255) aCTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTaa > 1:2676175/1‑149 (MQ=255) cTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAAc > 1:28944/1‑149 (MQ=255) ggTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCt > 2:4193254/1‑149 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:3668175/1‑149 (MQ=255) tCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGc < 1:2081131/149‑1 (MQ=255) ggACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGaa > 2:3290356/1‑149 (MQ=255) aCAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATg < 2:3027008/149‑1 (MQ=255) cAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATgg > 1:3373837/1‑149 (MQ=255) gACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGAt > 1:2250003/1‑149 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATa < 1:359166/149‑1 (MQ=255) cTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAg > 1:1992514/1‑149 (MQ=255) tGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGc < 2:1666374/149‑1 (MQ=255) tGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGc < 2:3574707/149‑1 (MQ=255) ggCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGcc < 2:2572001/149‑1 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctc < 1:4572460/149‑1 (MQ=255) tATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctct > 2:4552559/1‑149 (MQ=255) tATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctct > 2:4694127/1‑149 (MQ=255) tATTAAGCTTTCCGGCATCACATAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctct < 1:3413146/149‑1 (MQ=255) tATTAAGCTTTCCGGCATCACATAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctct < 1:3382148/149‑1 (MQ=255) aTTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc < 2:3793069/149‑1 (MQ=255) ttAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCg > 2:3381293/1‑149 (MQ=255) ttAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCg > 2:781879/1‑149 (MQ=255) ttAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCg > 1:5077679/1‑149 (MQ=255) tAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCgg > 1:1478657/1‑149 (MQ=255) aaGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCGCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGc < 2:5076133/149‑1 (MQ=255) aaGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCGTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGc > 1:2562134/1‑149 (MQ=255) aGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCa > 2:2885411/1‑149 (MQ=255) aGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCa > 2:149059/1‑149 (MQ=255) gCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCAt < 2:1227559/149‑1 (MQ=255) ggCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGACTTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGt < 1:1004869/149‑1 (MQ=255) ggCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGt < 2:2011736/149‑1 (MQ=255) ggCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGt > 2:2603817/1‑149 (MQ=255) ggCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGt < 2:34613/149‑1 (MQ=255) aTCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCt > 2:1753/1‑149 (MQ=255) aTCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCt < 2:3924797/149‑1 (MQ=255) aTCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCt < 2:2508612/149‑1 (MQ=255) tCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTg > 1:197534/1‑149 (MQ=255) cacaTAGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTgg < 2:1897506/149‑1 (MQ=255) caTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGtt > 1:3113389/1‑149 (MQ=255) aTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTCCGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGAGAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTa < 2:4967522/149‑1 (MQ=255) tCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt > 1:2777495/1‑149 (MQ=255) | GATCCCCTTTCCCTCACTCAGGAGCAACGCTAATGGATGCCCTGCAATTATTAACCTGGTCGCTGATTCTCTATCTGTTTGCTAGTCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATC > CP009273/2595145‑2595440 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |