| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 2,647,653 | C→A | 7.4% | D214Y (GAT→TAT) | sseB ← | rhodanase‑like enzyme, sulfur transfer from thiosulfate |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,647,653 | 0 | C | A | 7.4% | 1128.0 / 43.7 | 297 | D214Y (GAT→TAT) | sseB | rhodanase‑like enzyme, sulfur transfer from thiosulfate |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (158/116); new base A (11/12); total (169/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
GGCGGCATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATCGCCAGGTAATGTATCGGTCGCTACACTTCCCGTCGCCTGAATAATTTCTTCGATATCACCATCGGCTTCAATGCCAATAAGTAAATTAGGCTGTGCCTCTTCGTTCTCTTTAATTGAACAAATAAAAGCACGCTTCACCGGCTTAAT > CP009273/2647505‑2647800 | gcATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATCGCCa > 1:4922471/1‑149 (MQ=255) gcATATTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATAGCCa > 2:2713790/1‑149 (MQ=255) tatTTTAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATCGCCAGGt > 2:571837/1‑149 (MQ=255) ttttAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATAGCCAGGTaa < 1:2642278/149‑1 (MQ=255) ttAGATTATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATCGCCAGGTAATg > 2:4829020/1‑149 (MQ=255) ttATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATCGCCAGGTAATGTATCg > 1:1164986/1‑149 (MQ=255) ttATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATAGCCAGGTAATGTATCg > 2:202806/1‑149 (MQ=255) tATCCGATTCTGTTTAAAGTCACGCAAAAAACCACCCCAGCGACGTTCATAGAATGGCGCAATATGTTCGGTAATAAAGTGGCTAATTCCTTTTTCCCCTTTTTTCACCTGACAAATATCGATTGGTTCATCGCCAGGTAATGTATCgg > 1:4217134/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |