| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,667,539 | C→T | 5.2% | R170Q (CGG→CAG) | yphB ← | mutarotase superfamily protein, YphB family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,667,539 | 0 | C | T | 5.2% | 916.5 / 24.7 | 248 | R170Q (CGG→CAG) | yphB | mutarotase superfamily protein, YphB family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/120); new base T (9/4); total (124/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
ATAACCTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTAAAT > CP009273/2667391‑2667686 | aaCCTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGc > 1:4705200/1‑149 (MQ=255) ccTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTc < 1:3782317/149‑1 (MQ=255) cTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTcc < 2:926924/149‑1 (MQ=255) cTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTcc < 1:3969700/149‑1 (MQ=255) cTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTccagcc > 2:4763370/1‑149 (MQ=255) cGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGt < 1:3270214/149‑1 (MQ=255) ctgctCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAAc < 2:1353670/149‑1 (MQ=255) tgctCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAAcc > 1:162696/1‑149 (MQ=255) 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tCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCt < 1:2303547/149‑1 (MQ=255) aTGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGc > 1:1015339/1‑149 (MQ=255) aTGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGc > 1:1015300/1‑149 (MQ=255) tGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGcc < 2:1457563/149‑1 (MQ=255) gCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCt < 1:2506027/149‑1 (MQ=255) 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aaCCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGAc > 1:492063/1‑149 (MQ=255) ccATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACaa < 2:1665864/149‑1 (MQ=255) cATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAAc > 2:1919163/1‑149 (MQ=255) aTTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGACTCCGCGTTTGCGGCGACAACg > 2:1090991/1‑149 (MQ=255) aTTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACg > 1:2042052/1‑149 (MQ=255) 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cccGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTaaa > 2:4670417/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTAAAt < 2:3041699/149‑1 (MQ=255) | ATAACCTTCCTGCGGCTGCTCGATGCGGGCCTGACCATTCCATCCGGCAAAACCATTGTTCACCCACTGGCGCGGCAACGGCGCGGGCTGGTTAAAATCCAGTTCCTGCGGTAGCTGCTCGCAAAACTCACCCGCCAGCCACTGCTCCCGCTCCAGCCAGTAACCGCTCGCCTGTGCCTGAATCCGCGTTTGCGGCGACAACGGAAAATAAGGATGCCAGCCGGTACCAAATGGCAGCGTCTCTGCCCCTTGATTGGTGACAGAGAGCGTCACCGTCAGCGTATCCGCCGTTAAAT > CP009273/2667391‑2667686 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |