Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 2,679,933 | C→A | 13.2% | A247D (GCT→GAT) | hmp → | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 2,679,933 | 0 | C | A | 13.2% | 1165.2 / 121.4 | 340 | A247D (GCT→GAT) | hmp | fused nitric oxide dioxygenase/dihydropteridine reductase 2 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (164/131); new base A (28/17); total (192/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
TTCCCACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCA > CP009273/2679785‑2680081 | ttCCCACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGc < 1:2861992/149‑1 (MQ=255) cccACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTc < 1:3436125/149‑1 (MQ=255) ccACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTcc < 2:3362638/149‑1 (MQ=255) 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cGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCgg < 2:4909346/149‑1 (MQ=255) cGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCgg > 2:1292550/1‑149 (MQ=255) | TTCCCACATCAGGAAATTCGTCAGTACTCTTTGACTCGCAAACCGGATGGCAAAGGCTATCGTATTGCGGTGAAACGCGAAGAGGGTGGGCAGGTATCCAACTGGTTGCACAATCACGCCAATGTTGGCGATGTCGTGAAACTGGTCGCTCCGGCAGGTGATTTCTTTATGGCTGTCGCAGATGACACACCAGTGACGTTAATCTCTGCCGGTGTTGGTCAAACGCCAATGCTGGCAATGCTCGACACGCTGGCAAAAGCAGGCCACACAGCACAAGTGAACTGGTTCCATGCGGCA > CP009273/2679785‑2680081 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |