| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 235,010 | G→T | 26.8% | L72I (CTT→ATT) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 235,010 | 0 | G | T | 26.8% | 244.6 / 26.8 | 165 | L72I (CTT→ATT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (61/52); new base T (4/46); total (67/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.25e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
GTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCA > CP009273/234862‑235158 | gTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAgtaag > 1:4161319/1‑149 (MQ=255)gTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaag < 2:191408/149‑1 (MQ=255)gTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCgtaag < 2:2794294/149‑1 (MQ=255) 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tataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAAGATTTTATAAAAGTAAAA‑AAAATTAAAATAATATTTAAAAAATAAAAAGAAATGAAAACGAATCACACAAacaacaatatca > 2:4848379/1‑143 (MQ=255) ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAAAGATTTTATTATCGTAAATAAAAATTAAAT‑AAAATTTAAAAAGGAAAACGAAAATAAAAAGAAGCACAGAAACAACAAtctcaa > 1:1131804/1‑147 (MQ=255) ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa > 2:5121293/1‑149 (MQ=255) taAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGT‑AAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACGAAGCACAGAATCAACATTCTCCaa > 2:4997278/1‑149 (MQ=255) aagttttAGCTTTTTTTTTTTTTGTGTGGCTAATTTGAATACCTTCTTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTATTATCGTATTT‑AAAATTACTTGAATATTTAAAATGTAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAAt < 1:3310205/144‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |