| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,756,275 | C→A | 5.6% | E209* (GAG→TAG) | yfjK ← | DEAD/H helicase‑like protein, CP4‑57 putative defective prophage |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,756,275 | 0 | C | A | 5.6% | 1455.6 / 43.2 | 373 | E209* (GAG→TAG) | yfjK | DEAD/H helicase‑like protein, CP4‑57 putative defective prophage |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (186/166); new base A (12/9); total (198/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 374 total aligned reads displayed.
CGAATGCTGTTAACGAACGGTCCCGTCAGGTAAAACTGCCTGGAGACCTTAAGCAGTTTGCTTAACGCAATGTTGAGCTCGATGACTCGTTCGTCTTGATGATCAATGTCCCCGCTTTTCAGTTGTCGGAACGCCAACTTGTAAAACTCGTCAATGACGAAGAGGTCAATGTCGACGATGTCGTCACGCTCGTTCACTCGCTCCTGAGTTAACACATAAACAGCCTGATCGGAATGGCACACTTGGGAACTGTGGTGGATGATCTGATATCGGTCACCGAATCGCTCTTGCAGTCG > CP009273/2756127‑2756422 | cgAATGCTGTTAACGAACGGTCCCGTCAGGTAAAACTGCCTGGAGACCTTAAGCAGTTTGCTTAACGCAATGTTGAGCTCGATGACTCGTTCGTCTTGATGATCAATGTCCCCGCTTTTCAGTTGTCGGAACGCCAACTTGTAAAACTc > 1:442350/1‑149 (MQ=255) gAATGCTGTTAACGAACGGTCCCGTCAGGTAAAACTGCCTGGAGACCTTAAGCAGTTTGCTTAACGCAATGTTGAGCTCGATGACTCGTTCGTCTTGATGATCAATGTCCCCGCTTTTCAGTTGTCGGAACGCCAACTTGTAAAACTCg > 2:7550/1‑149 (MQ=255) gCTGTTAACGAACGGTCCCGTCAGGTAAAACTGCCTGGAGACCTTAAGCAGTTTGCTTAACGCAATGTTGAGCTCGATGACTCGTTCGTCTTGATGATCAATGTCCCCGCTTTTCAGTTGTCGGAACGCCAACTTGTAAAACTCGTCaa > 2:893817/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |