| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,763,361 | G→T | 6.3% | V100V (GTG→GTT) | yfjR → | CP4‑57 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,763,361 | 0 | G | T | 6.3% | 1384.1 / 49.3 | 356 | V100V (GTG→GTT) | yfjR | CP4‑57 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (182/151); new base T (9/14); total (191/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
GACTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTGCAGAGGGGCGACGC > CP009273/2763213‑2763508 | gACTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTg > 1:1300934/1‑149 (MQ=255) aCTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGa > 2:4794753/1‑149 (MQ=255) cTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGaa < 2:1436267/149‑1 (MQ=255) aTGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGc > 2:2996527/1‑149 (MQ=255) gTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCAc < 2:4216041/149‑1 (MQ=255) tATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCAct > 2:3392500/1‑149 (MQ=255) tCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACCGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCActgc > 2:211524/1‑149 (MQ=255) cTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCATATATTTGCCCAACGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTATTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTTAATGCActgct > 2:5103718/1‑149 (MQ=255) 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ggTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTGCAGAGGGGCGAc > 1:3826406/1‑149 (MQ=255) tGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTGCAGAGGGGCGACGc > 1:1922890/1‑149 (MQ=255) | GACTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTGCAGAGGGGCGACGC > CP009273/2763213‑2763508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |