| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,767,939 | C→T | 5.3% | Y421Y (TAC→TAT) | yfjW → | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,767,939 | 0 | C | T | 5.3% | 955.4 / 27.1 | 263 | Y421Y (TAC→TAT) | yfjW | CP4‑57 prophage; putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/118); new base T (7/7); total (138/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
ATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGA > CP009273/2767791‑2768087 | aTGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTac < 1:1187428/149‑1 (MQ=255)aTGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTac > 1:33900/1‑149 (MQ=255) gCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTAcaacaa > 1:625833/1‑149 (MQ=255) 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gTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAAc < 2:4349241/149‑1 (MQ=255) tcgtataaCCATATGATATTATTAATTACTACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGATAATTATCTTCACTGAGAGCAAct < 2:3786932/143‑2 (MQ=255) aCCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTAtct > 1:2469335/1‑149 (MQ=255) attattAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAg < 1:4624089/149‑1 (MQ=255) attattAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAg < 2:5050787/149‑1 (MQ=255) ttattaATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGt < 2:4480953/149‑1 (MQ=255) ttaattaCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGAATTATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATc < 2:559091/149‑1 (MQ=255) aattaCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCaa < 2:4262264/149‑1 (MQ=255) attaCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAAc < 2:1980421/149‑1 (MQ=255) taCAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACgg > 2:3811894/1‑149 (MQ=255) acaacaATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACggg < 2:625833/149‑1 (MQ=255) caacaaTAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGa > 2:1411972/1‑149 (MQ=255) | ATGTTGCACCTCTATCTAGGCTTGATAAAAATAAGAAGATGAAGTGTGAATACCAGCAAATATCGGATTTAACAAATACGTATAACATTAATGCAAATTACTTAACGGGTTTTTTACTTGTCCTAAAACCAGATGATATTATTAATTACAACAATAGCCCTTCCGTACTACTCAAGACTGATTTTGCGTTCTATAAAAAAACATACCAGAAGCTTGATAAAATATATGATGACATAAGCAATGGAAAATTATCTTCACTGAGAGCAACAGGTATCTCCCAGTTTAGTATCAACGGGA > CP009273/2767791‑2768087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |