| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 2,775,830 | C→T | 11.0% | D86N (GAT→AAT) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,775,830 | 0 | C | T | 11.0% | 963.7 / 81.0 | 299 | D86N (GAT→AAT) | ypjA | adhesin‑like autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (130/136); new base T (20/13); total (150/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
CCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCA > CP009273/2775682‑2775978 | ccATTGCTGATACCCCCTTTATACACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc < 1:2242888/149‑1 (MQ=255)ccATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc < 1:4416071/149‑1 (MQ=255)ccATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc < 1:3758526/149‑1 (MQ=255) cATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCt < 2:3311210/149‑1 (MQ=255) aTTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATAtttt > 1:1528801/1‑149 (MQ=255) tGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat < 2:767852/149‑1 (MQ=255) tGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat < 2:2660482/149‑1 (MQ=255) gATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATc > 1:1583769/1‑149 (MQ=255) 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ccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 2:2843828/149‑1 (MQ=255) ataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATCCACCAGATTCaa < 2:2335606/149‑1 (MQ=255) aaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATaa > 1:1763212/1‑149 (MQ=255) cGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGa < 2:345293/149‑1 (MQ=255) ccTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 1:4030313/149‑1 (MQ=255) 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cGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTg < 1:3766020/149‑1 (MQ=255) cGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTg < 1:2329226/149‑1 (MQ=255) tCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGat > 1:4881223/1‑149 (MQ=255) aTGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCAGTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGataa > 2:4411467/1‑149 (MQ=255) tGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGataat > 2:3159692/1‑149 (MQ=255) 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tattaGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACt > 1:2167072/1‑149 (MQ=255) taGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACtttt < 2:1492130/149‑1 (MQ=255) aGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACttttt > 2:3402874/1‑149 (MQ=255) aGCCTGCCCCAC‑AAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTg < 2:2563407/149‑1 (MQ=255) gCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATTTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTg < 1:1157181/149‑1 (MQ=255) 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atCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCacac > 2:1304941/1‑149 (MQ=255) cTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCa < 1:4732009/149‑1 (MQ=255) | CCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATACCCCCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACATTCTGCTGGCCATGGTTGATAATATGAGTGTTATTTGTTGTACCTCGTTCATCCACTTTTTGGTTGCCATCTACAGTCTCATCGTTTACCACACCA > CP009273/2775682‑2775978 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |