Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 238,195 | G→T | 38.7% | V532V (GTC→GTA) | fadE ← | acyl coenzyme A dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 238,195 | 0 | G | T | 38.7% | 351.7 / inf | 282 | V532V (GTC→GTA) | fadE | acyl coenzyme A dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/88); new base T (71/38); total (156/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.82e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
GGCGGTTCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTGGTAAGCACGCGCCA > CP009273/238047‑238343 | ggCGGTTCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTg > 1:4208792/1‑149 (MQ=255) gCGGTTCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGa > 2:2898522/1‑149 (MQ=255) gCGGTTCAGGTGCTGATAGTAGCGTTTAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGa > 1:2716366/1‑149 (MQ=255) 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tttAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCa < 2:4277273/149‑1 (MQ=255) ttAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCAt < 1:2968172/149‑1 (MQ=255) tAGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCAtc < 1:357087/149‑1 (MQ=255) aGTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCAtct > 1:4360045/1‑149 (MQ=255) gTGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCAtcta < 2:1667908/149‑2 (MQ=255) tGGCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATctct < 2:51303/149‑1 (MQ=255) ggCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCtt > 2:3620280/1‑149 (MQ=255) gCATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTc > 1:3847962/1‑149 (MQ=255) cATCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTcc < 2:3166640/149‑1 (MQ=255) tCGCCGGTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAg > 1:1635340/1‑149 (MQ=255) ggTTGGCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGt < 2:3542594/149‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGa < 1:2834219/149‑1 (MQ=255) gTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATg > 2:108243/1‑149 (MQ=255) gTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATg < 1:4881731/149‑1 (MQ=255) gTGCTGCTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATg > 1:4618662/1‑149 (MQ=255) tgctgcTGGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATgg < 1:518/149‑1 (MQ=255) ctgctgGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCa < 2:2464571/149‑1 (MQ=255) tgctgGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCaa < 2:4903850/149‑1 (MQ=255) gctgGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAAc < 2:4032310/149‑1 (MQ=255) gctgGTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAAc > 1:553614/1‑149 (MQ=255) gTTAAACCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAAt < 2:4208792/149‑1 (MQ=255) aaaCCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGc < 1:4158496/149‑1 (MQ=255) aaCCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCt > 1:3271758/1‑149 (MQ=255) aCCGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTc > 2:2962624/1‑149 (MQ=255) ccGCGCGTCAGGCCCAGCCAGAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTcc < 1:4392366/149‑1 (MQ=255) 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ccagccagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGatc < 1:2079352/149‑1 (MQ=255) gccagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGatcatc > 1:2634031/1‑149 (MQ=255) ccagAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGAtcatca < 2:4851937/149‑1 (MQ=255) agAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCAtg < 2:3501604/149‑1 (MQ=255) gAAGCTGCGAACTTTGTTGCTACCGACGTGACCGATATGTTTGAACAACAGTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCAtgc > 1:2852563/1‑149 (MQ=255) 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aacaGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTgc < 1:4935070/149‑1 (MQ=255) aacaGTTTATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTgc > 2:2743575/1‑149 (MQ=255) gTTTATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGccc > 2:4750094/1‑149 (MQ=255) tttATCGAACGCGTTGACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCt < 1:1119371/149‑1 (MQ=255) tATCGAACGCGTTTACGTCATTGTTCTTCGCCGCTTCCATCTCTTCCAGCACGTACGGATGGCAACGAATCGCTCCTTGTCCGAAGATCATCATGCTGCGGGTCAGAATGTTAGCCCCTTCAACGGTGATGGCAATCGGTGCGCCCTgg > 1:1062215/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |