Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 241,630 | G→T | 7.9% | Y221* (TAC→TAA) | yafK ← | L,D‑transpeptidase‑related protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 241,630 | 0 | G | T | 7.9% | 1062.9 / 46.4 | 280 | Y221* (TAC→TAA) | yafK | L,D‑transpeptidase‑related protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/121); new base T (11/12); total (147/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
ACGGTGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATATTGGCGTCGGTCATGCGGAACGGGTAAATAC > CP009273/241483‑241778 | cGGTGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTa < 1:3490399/149‑1 (MQ=255) tGATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACg > 2:1975279/1‑149 (MQ=255) gATTGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGa > 1:3671517/1‑149 (MQ=255) ttGCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGAcc > 1:1264130/1‑149 (MQ=255) gCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCAt > 1:4783390/1‑149 (MQ=255) gCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCAt < 2:2334171/149‑1 (MQ=255) gCAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCAt > 1:3558188/1‑149 (MQ=255) cAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAACCCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCAtt < 1:2316426/149‑1 (MQ=255) cAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCAtt < 2:4891364/149‑1 (MQ=255) cAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCAtt < 2:2289285/149‑1 (MQ=255) cAACACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCAtt > 2:2989716/1‑149 (MQ=255) aaCACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTg < 2:425820/149‑1 (MQ=255) aaCACAGCCGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTg > 2:3127545/1‑149 (MQ=255) ccGCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAg > 2:3361166/1‑149 (MQ=255) gCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGaa > 1:20428/1‑149 (MQ=255) gCTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGaa > 1:21191/1‑149 (MQ=255) cTGACGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGaaa < 1:1965340/149‑1 (MQ=255) aCGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACTTAACGACCATTGACCACAGAAACgg > 2:501294/1‑149 (MQ=255) aCGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACgg < 1:3036740/149‑1 (MQ=255) aCGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACgg < 2:761971/149‑1 (MQ=255) cGGGCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGt < 1:1639513/149‑1 (MQ=255) gggCAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGtt > 1:4575595/1‑149 (MQ=255) cAATGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTtggt < 2:4610449/149‑1 (MQ=255) aTGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTtggtgg > 1:901131/1‑149 (MQ=255) aTGAAACCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTtggtgg > 1:1646148/1‑149 (MQ=255) aaaCCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACTTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCtt < 1:557479/149‑1 (MQ=255) aaaCCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCtt > 2:708239/1‑149 (MQ=255) aaCCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTa < 2:2629675/149‑1 (MQ=255) aaCCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTa > 2:4346056/1‑149 (MQ=255) aCCTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTGTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTAc < 2:4758578/149‑1 (MQ=255) cTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACgg > 1:2427449/1‑149 (MQ=255) cTGGCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACgg < 1:2063193/149‑1 (MQ=255) ggCAAAAGATTATGCCAGGCGAATGGCGCTTATTTTGCCTCGGGGAGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGATGGTGGCTTACGGGt > 2:2795458/1‑149 (MQ=255) 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aGCGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTc < 2:1066052/149‑1 (MQ=255) cGTGTAGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCt < 1:3768160/149‑1 (MQ=255) aGTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAg < 2:3985784/149‑1 (MQ=255) gTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGt < 1:708239/149‑1 (MQ=255) gTTTGATGCCAGTTGTGGCTGCACAACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGt > 2:5162244/1‑149 (MQ=255) 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cacaACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCa < 1:226789/149‑1 (MQ=255) caACTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCata > 1:3525340/1‑149 (MQ=255) aaCTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCatat < 1:1464730/149‑1 (MQ=255) aCTTCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATAtt > 1:2447787/1‑149 (MQ=255) ttCGTGGCTTAACGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATATTgg > 2:2408486/1‑149 (MQ=255) 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ttaCGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTTGTGGCTTACGTGTTTTCTCACAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATATTGGCGTCGGTCa < 1:4380938/147‑1 (MQ=255) aCGGCTTGCTGACCACTTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATATTGGCGTCGGTCATg > 2:1954324/1‑149 (MQ=255) aCGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATATTGGCGTCGGTCATg > 2:4115807/1‑149 (MQ=255) cGGCTTGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCTTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATATTGGCGTCGGTCATGc > 2:691112/1‑149 (MQ=255) ttGCTGACCACGTAACGACCATTGACCACAGAAACGGTTGGTGGCTTACGGGTTTGCTCAAAGTAGTCGTAACCCGGCGTCAGTTGCTCCCAGAAGTCCTTAAAGTTGGAATATTTATGGCGCTTCATATTGGCGTCGGTCATGCGGaa > 2:3464467/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |