Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,079,934 | T→C | 5.5% | intergenic (+173/‑131) | yqgC → / → metK | uncharacterized protein/S‑adenosylmethionine synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,079,934 | 0 | T | C | 5.5% | 1137.0 / 39.6 | 325 | intergenic (+173/‑131) | yqgC/metK | uncharacterized protein/S‑adenosylmethionine synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (144/163); new base C (9/9); total (153/172) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
ACAATGGCAGAAAATTGCAAAAGATAAATACGCAGAATGCCGGCATTGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTT > CP009273/3079786‑3080082 | aaTGGCAGAAAATTGCAAAAGATAAATACGCAGAATGCCGGCATTGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTaa > 1:65861/1‑149 (MQ=255) tGGCAGAAAATTGCAAAAGATAAATACGCAGAATGCCGGCATTGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAatc < 1:3915218/149‑1 (MQ=255) ggCAGAAAATTGCAAAAGATAAATACGCAGAATGCCGGCATTGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAatcc < 1:4229931/149‑1 (MQ=255) 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ttAATCCATCCATACCGCTTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACCGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCtttt < 2:3466537/149‑1 (MQ=255) ttAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTAACACAGAAAATCCACACAACAGGTTGAGCTAACCAAATTCTGTTTAGGTGATATTAAATATTGCTAAAGAccgtgt > 2:4577019/1‑145 (MQ=255) | ACAATGGCAGAAAATTGCAAAAGATAAATACGCAGAATGCCGGCATTGTCAGGAAAAATTTCCAGCCACGTTTTTAACAGAATGAGACACGATTC‑AAAAAAAAGTGGAAATAGGGTGAAGAATTGACCTAAAATAGCCATCCAGATGTTAATCCATCCATACCGATTAACACTCAGACTGCCAGTGTTTTTAACCTGCAGAGTCGTGGTAGGATCCGCTACCACAGAAAATCCACACAACAGTTTGAGCTAACCAAATTCTCTTTAGGTGATATTAAATATGGCAAAACACCTTTTT > CP009273/3079786‑3080082 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |