Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,126,414 | C→A | 5.4% | R53L (CGG→CTG) | yghR ← | putative ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,126,414 | 0 | C | A | 5.4% | 1386.4 / 40.5 | 353 | R53L (CGG→CTG) | yghR | putative ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (150/184); new base A (6/13); total (156/197) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
CACCGCCGCCCATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGGTTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAG > CP009273/3126266‑3126562 | cACCGCCGCCCATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGcgcc > 2:5151351/1‑149 (MQ=255) gccgccCATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTc > 2:747244/1‑149 (MQ=255) ccgccCATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCg > 2:29375/1‑149 (MQ=255) 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ccATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGttt < 1:1616427/149‑1 (MQ=255) ccATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGttt > 1:1212789/1‑149 (MQ=255) ccATAGCGCCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGttt > 1:4886066/1‑149 (MQ=255) cgcCGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAgt < 2:4142942/149‑1 (MQ=255) ccGGAGATTTGGTTTTCATGCTTTGGGTTTTCGAGGATTTGGCCGCCAGTCGCCGTTCCAGCCAGACGCCAACCAACGGCAATCGTTTGATTTTGTCGCCGTCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAgtgt > 1:660059/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |