| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,385,518 | G→C | 7.6% | intergenic (‑131/+299) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,518 | 0 | G | C | 7.6% | 825.6 / 9.5 | 283 | intergenic (‑131/+299) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (154/104); new base C (3/20); total (158/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTT > CP009273/3385370‑3385666 | tACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAgg > 2:1272602/1‑149 (MQ=255) aCCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc < 1:1797259/149‑1 (MQ=255) cAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCaa < 1:3497031/149‑1 (MQ=255) aGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAACCTACGGTTATGTTCAGGTTAGTAGGCCTGTTTCGACGAAAATCCTCGCATCAGGCacc > 1:4081433/1‑147 (MQ=25) aGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGt > 1:863090/1‑149 (MQ=255) aGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGt > 2:2450100/1‑149 (MQ=255) gACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTc > 2:4400821/1‑149 (MQ=255) gACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTc > 2:1808351/1‑149 (MQ=255) aCTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCg > 1:1275774/1‑149 (MQ=255) tCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGGTAGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGCCTGTCGGa > 2:3128862/1‑149 (MQ=255) tttttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgcggc > 1:3110681/1‑149 (MQ=255) tttttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgcggc > 2:2787749/1‑149 (MQ=255) tttttGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATgcggc > 1:2222374/1‑149 (MQ=255) gCTACTCGTTTGTTACTGCCGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTCTCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaaa < 2:1876815/149‑1 (MQ=21) gCTACTCGTGAGTTCCTGCAGCCGAGGATTTTGTACGGCTGCCGGTTGCGGCGTGACCGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTGGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaaa < 2:4472391/149‑1 (MQ=18) aCTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCAGGATAGTAGGCCTGAGAAGAACCAAAGAGACGCATCACGCAAATGATGTAGGAAGAGGAGTAAACga > 2:2650883/1‑148 (MQ=21) cTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGTATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:4604117/149‑1 (MQ=255) cTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:303706/149‑1 (MQ=255) tctttagttaCTGCAGTCGAGTATTTTTTCCGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTACCCAGCATACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGAATCAGGCAACGGCTGTCGTATGCGGCGTAAACGCCt < 2:572704/146‑1 (MQ=18) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa > 1:394874/1‑149 (MQ=255) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTa < 2:814582/149‑1 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt < 2:3349783/149‑1 (MQ=255) ttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 1:3741108/1‑149 (MQ=255) gttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATACTACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATACg > 1:1131810/1‑149 (MQ=255) gttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 1:734996/1‑149 (MQ=255) aCTGCAGTAGTGTTTTTTTTACGGCTGCCGGTTGCGGCGTGAACGCCCTAGCCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc < 2:4397583/149‑1 (MQ=18) aCTGCAGTAGAGGATTTTTTAGGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc < 2:4965813/149‑1 (MQ=255) tGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAGCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTTTCAGACCTa > 2:2580417/1‑149 (MQ=255) gCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGAAGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGATTGTAGGCCTGATAAGACGCAAATCGTCGCATAAGGCAACGGCTGTCGGATGCTGCGTAAACGCCTGATCCGACCTAc > 1:185844/1‑149 (MQ=18) aGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCGGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCTCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCTACCTACgg > 1:3719929/1‑149 (MQ=255) ttgtgttttttttCGGGCTGCGGGTTGGGGGGTGAACGCCCTACCCAGCCTACGGTTTTGTTCGGGTTTGTCGGCCTGATAAGCCGCACCGGGGCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:2183254/142‑1 (MQ=17) ttgtgtaTTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCATATCCAGCCTAGGGTTTTGTTCCGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGAATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGtt < 2:553808/143‑1 (MQ=17) agagGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTa > 1:5202668/1‑149 (MQ=255) gagGATTTTTAACGGCTCCCGTATGCGGCGTCAACGCCATATCCACCAAACTTTTATTTTCCGTTTTGTAGGCCTTATAACACCCACAGCGTCGCATCAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt < 2:4348356/149‑1 (MQ=14) ggATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt < 2:4924540/149‑1 (MQ=255) ggATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGt > 1:2337046/1‑149 (MQ=255) gtttttttCCGGCGGCCGTTTGCGGCGTGAACGCCCTACCCCGCCTCCGTTTATTTTCCGGTTTGTCGGCCTTATAAGACGCACAGCGCCGCAACAGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt < 1:1691119/147‑1 (MQ=17) gtttttttACGGCTGCGGGTTGCGGCGTGAACGCCCTACCCAGCCTAGGTTTTTGTTCGGGTTTGTTGGCCTTATAAGACGCACCGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGtt < 2:476465/147‑1 (MQ=17) ttttttCCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAGGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:515515/149‑1 (MQ=255) ttttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 1:4335043/1‑149 (MQ=255) tttttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCg > 2:294561/1‑149 (MQ=255) tttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGtt > 1:228425/1‑149 (MQ=255) ttACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGTCTGTCGGAGGCGGCGTAGGCGCCTTGTCAGACCTACGGTTATGttaagttg > 2:751935/1‑143 (MQ=17) tccGGCTGCGGTCTGGGGCGTTAACGCCCTACCCACCATACGTTTTTTTTCGGGTTTGTCGCCATTATAACACTCACCGCGCCGAAACAGCAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg < 1:1482416/147‑1 (MQ=9) gggcggcCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTATGTTCGGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTa < 1:4230179/148‑1 (MQ=255) cGGCTGCCGGATGCGGCGTTAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTa < 2:3266866/149‑1 (MQ=255) cGGCTGCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCGGTTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTa < 1:1661770/149‑1 (MQ=14) ggcggcCGGAGGCGGCGTGCCCGCCCTATCCCGCCTAGGGTTTTGTTCGGGTTTGTCGGCGTGATACGACGCCCCGCGTCGCATCCGGCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 1:1602464/149‑1 (MQ=14) ggCTGCCGGTTGCGGCTTGAACGCCCTAACCAGCCTACGTTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGAATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 1:1243730/149‑1 (MQ=17) ggCTGCCGGATGGGGCGTGAACGCCCTCTCAAGCGTACGGTTATGTTCCGTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 2:3027661/149‑1 (MQ=14) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAg > 2:3617895/1‑149 (MQ=255) gCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTACCCCGCCTACGTTTATGTTCCGTTTTGTCGCCCTGATAAGACGCACCGCGTCGAAACAGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAgg < 1:2486501/149‑1 (MQ=14) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTCAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTTCGGGATCGAGGCCTGa > 2:4795413/1‑149 (MQ=14) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCGGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGAt < 1:3363873/149‑1 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCAGTTTGTATGCCTGAt > 1:5078586/1‑149 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCAGTTTGTATGCCTGAt > 1:3637522/1‑149 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGGTTGTAGGCCTGATACGACGCACAGCGTCGCATCTGGCACCGGCTGGCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCGGGTTGTAGGCCTGAt > 2:2010777/1‑149 (MQ=14) gATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTCAACGCCTTATCCGACCTCCGGTTCTGTTCCGTTTGTAGGCCTgttc > 2:3533829/1‑146 (MQ=255) aTGGGGCTTGACCGCCCTACCCACCCTAGGGTATTGTTCCGTTTTTTCGGCCTTAAAAGACGCACAGCGTCGCATCAGCCCACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATaa < 1:181357/149‑1 (MQ=14) cggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGAc < 2:1242391/149‑1 (MQ=255) cggcgTGAACGCCCTAGCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTGGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGAc < 2:2000224/149‑1 (MQ=255) ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTCCGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACg > 1:2603665/1‑149 (MQ=255) ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACg > 1:4787702/1‑149 (MQ=255) taaCGCCCTATCCTGCCTAGGTTTTTGTGCCGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAg < 1:3382001/148‑1 (MQ=14) cGCCCTAGCCAGCCTAGGGTTTTGTGCGGGTTTGTTGCCCTGAAATGCCGCACAGCGTCGAATCTGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGt < 1:3660854/149‑1 (MQ=14) gCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc > 2:3796909/1‑149 (MQ=255) gCCCTATCCAGCCTACGGGTATGGTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTc > 2:1146726/1‑149 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGGTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTGTGTAGGCCTGATCAGACGCACAGCGTCGc > 2:1033619/1‑149 (MQ=255) aTCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc < 2:3437265/149‑1 (MQ=255) tCCAGCCTCGGTTTTTGTTCGGGTTTGTAGGCCTCATAAGACGCACAGGGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 1:791663/149‑1 (MQ=11) tCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa > 2:3379539/1‑149 (MQ=40) ccAGCCTACGGTTTTGTTCCGTTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAg < 1:2914597/149‑1 (MQ=255) ccAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGACGCATCAg > 2:3753947/1‑149 (MQ=255) tACGGTTTTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg < 2:2512705/149‑1 (MQ=255) aTGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTGAACGCCATATCCGACCTACGGTTATGTTCAGGATGGAGGCCGGTTATCACGCACAGAGGCGCATCAGGCAACGGcgcccg > 2:1064793/1‑144 (MQ=11) gTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGa > 1:4554907/1‑149 (MQ=37) ttCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCAGTTTCTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt > 1:2155769/1‑149 (MQ=16) tcgggTTTGTCGGCTTTTTACGCCGCCCGGCGTCGCATAGGGCACCGGGTGTGGGAGGCGGCTTAAACGCCTTATCCGACCTCCGGTTTTGTTCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATg < 2:1570861/146‑1 (MQ=11) ggTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGTAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgcgg > 1:3203811/1‑149 (MQ=17) ttttGTAGGCCTTATAAGACGCACCGGGCCGCATCTGGCAACGGGTGTCGGATGCGGCTTAAACGCCTTATCCGACCTCCGGTTATTTTCCTTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgcggc < 2:1047823/148‑1 (MQ=11) gCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCAGGTTGTAGGCCTGATAAGACGCAAAGAGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGc > 1:1049716/1‑149 (MQ=255) ccttaaaaGACCCACTGGGCCGCATCCGGAAACGGCTGTGGTATGGGGCTTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTTTTGTTCCGTTTGTCGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc < 2:5009498/143‑1 (MQ=11) tGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt > 1:2761242/1‑149 (MQ=35) ggATAATACGCCCCGCGTCGCTCCTGCCACGGGGTGTGGGCTGGGGGGAAAACGCCTTATCCGACCAAGGGTTTTGTGCCTTTTGTTGGCCTTATATGACGCACAGCGTCGCATCCGGCCACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCtt < 2:2381775/148‑1 (MQ=9) aTAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTAATACGACCAACGGTTATGATCCGGTTGTAGGCCTGATAATACGAACAGCGACGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGGAAACGCCCTAt > 1:2264283/1‑149 (MQ=11) aaGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:2323780/1‑149 (MQ=37) aGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCATATCCg > 1:1986860/1‑149 (MQ=21) gACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGa > 2:1933989/1‑149 (MQ=37) gACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTCTTGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGCTGCGGCGTAAACGCCTGATCCGa > 2:4089362/1‑149 (MQ=255) cgccccgCGTCGCATCTGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGTTTTTGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACCGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc < 2:4689800/143‑1 (MQ=11) cgaaccgcggcgAATCTGGAACCGGCGGTCGCTTGCGGCGTAAACGCTTTACCCGCCATCGGGTTTTGTACCGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCACCGGGTCGCCACTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc < 2:2096852/143‑1 (MQ=2) cGCACAGGGTCCCATCTGGCAACGGATGGCGGTTGCGGCGTAAACCCCTTATCCGACCTACGTTTTTTTTCGGTTTGTCGGCCTGATAAGACGCCCCGCGTCGCTTCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGAcc < 2:602364/149‑1 (MQ=11) gCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTGTCCGACCt > 2:1970592/1‑149 (MQ=37) gCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:1295378/1‑149 (MQ=37) gCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGt > 1:4901790/1‑149 (MQ=37) tCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTAt > 1:5142350/1‑149 (MQ=37) aTCTGGCACCGGCTGTCGGTTGGGGCTTAACCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCTGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTc < 2:3456586/149‑1 (MQ=11) tCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 1:2520429/1‑149 (MQ=38) tCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGGTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc > 1:411793/1‑149 (MQ=38) ggCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGtt > 1:1482914/1‑149 (MQ=40) | TACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGCTACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTT > CP009273/3385370‑3385666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |