| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,385,571 | C→G | 9.0% | intergenic (‑184/+246) | tldD ← / ← yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,385,571 | 0 | C | G | 9.0% | 714.3 / 12.0 | 269 | intergenic (‑184/+246) | tldD/yhdP | putative peptidase/DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (141/94); new base G (3/24); total (151/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.41e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
TTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGC > CP009273/3385423‑3385717 | ttttttCCGGGGGCCGGTGGCGGCGTGACCGCCCTACCCCGCCT‑CGGTTTTGGTTCGGTTTTGTTGGCCTTATATGACGCACCGCGTCGCACCTGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 1:5046525/149‑1 (MQ=9)ttttttCCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAG‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:515515/149‑1 (MQ=255)ttttttCCGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCATATCCAGCCTACGGTTTT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTcc < 2:4898874/149‑1 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tcaCGGCGGCCGGTTGGGGCGTCAACGCCCTAACCCGACAACGGTTTT‑GTTCCGTTTTGTAGGCCTTATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGttt < 2:241015/147‑1 (MQ=14) tccggctgccggctgcGGCTTTAACGCCCTATCATGCCTTGGTTTTT‑TTTCGTGTTTTTAGCCCTTAAAAGACGCAATGCGTCGCATCTGCCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg < 1:1482449/147‑1 (MQ=9) tccGGCTGCGGTCTGGGGCGTTAACGCCCTACCCACCATACGTTTTT‑TTTCGGGTTTGTCGCCATTATAACACTCACCGCGCCGAAACAGCAAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg < 1:1482416/147‑1 (MQ=9) tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg > 1:3667211/1‑149 (MQ=255) tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg > 1:4022700/1‑149 (MQ=255) tACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTg > 1:4101557/1‑149 (MQ=255) ggcggcCGGTTGGGGCGTGCACGCCCTATCCCGCCTCGGGTTTT‑GTGCGGGTTTGTTGGCCTGATAAGACGCACCGGGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 1:1602501/149‑1 (MQ=14) ggCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTTT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAg < 2:3027681/149‑1 (MQ=255) gcggCCGGAGGCGGCGTGAACGCCCTAGCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAgg < 2:2546113/146‑1 (MQ=255) cGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGTCAACGCCGTATCCGACCTACGGTTATGTTCGGGATCGAGGCCTGa > 2:4795413/1‑149 (MQ=14) 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cggcgTGAACGCCCTAGCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTGGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGAc < 2:2000224/149‑1 (MQ=255) ggcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACg > 1:4787702/1‑149 (MQ=255) gcgTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGc > 1:737519/1‑149 (MQ=255) gAACGCCCTATCCCGCCTCCGGTTTT‑GTTCGGGTTTGTCGGCCTGATATGACGCACTGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAg < 1:3381784/149‑1 (MQ=14) gAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAg > 1:4738060/1‑149 (MQ=255) aaCGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTACGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGACGCATCAGGCAACGGCTGACGGATGCGGCGAAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCTTTTTTTGGCATGATAAGACCCACAGc > 1:1277953/1‑149 (MQ=14) ccTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTCTAGGCCTGATAAGACGCAAAGCGACGc > 2:804280/1‑149 (MQ=255) ccTATCCAGCCTACGGGTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTGTGTAGGCCTGATCAGACGCACAGCGTCGc > 2:1033619/1‑149 (MQ=255) aTCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCGGTATCTTGGCCGGATAGCACGCACAGCgacccctc > 1:2292218/1‑142 (MQ=14) aTCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATc < 2:3437258/149‑1 (MQ=255) 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tGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGGTTGTAGGCCTGATAAGa > 1:5118508/1‑149 (MQ=255) gggggcgTAAACGCTTTACCCGACCTTGGTTTTTGTTCGTTTTGTCGGCCTTAAACGACGCACCGCGTCGCAACTGCCCACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGa < 1:250268/146‑1 (MQ=14) tAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAg > 1:3215892/1‑149 (MQ=255) aaaCGCATTATCCGACCTCTGTTTTTGTTCGTTTTGTTGGCCTTATAAGACCCACCGCTTCGCATCAGGAAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGc < 1:1153057/149‑1 (MQ=14) aaCGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCg > 2:3947996/1‑149 (MQ=255) 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ttATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCAt > 1:2226194/1‑149 (MQ=255) aTCCGACCTACGTTTATGTTCCGTTTTTCGGCCTGATACGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa < 2:2047013/149‑1 (MQ=255) aTCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCa > 2:1807577/1‑149 (MQ=40) cGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTGTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGc > 1:2262770/1‑149 (MQ=38) aCCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCTTCAGGCaa > 2:1755322/1‑149 (MQ=37) cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 1:4222720/1‑149 (MQ=35) cTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACg > 1:917588/1‑149 (MQ=35) gTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 2:2875693/1‑149 (MQ=35) gTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCCTCGCATCAGGCAACGGCTGc > 2:4634622/1‑149 (MQ=25) ttATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCACCGGCTGcc > 2:226581/1‑149 (MQ=25) gTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGAt > 2:3710796/1‑149 (MQ=35) tCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATgc > 1:2357111/1‑149 (MQ=34) | TTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTAT‑GTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGC > CP009273/3385423‑3385717 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |