Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,387,121 | C→T | 7.0% | A833T (GCT→ACT) | yhdP ← | DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,387,121 | 0 | C | T | 7.0% | 1164.0 / 50.0 | 327 | A833T (GCT→ACT) | yhdP | DUF3971‑AsmA2 domains protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (139/165); new base T (15/8); total (154/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.44e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CACCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCACCA > CP009273/3386974‑3387269 | cACCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGcc < 2:653168/149‑1 (MQ=255) aCCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCt > 2:5121073/1‑149 (MQ=255) aCCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCt > 2:4052583/1‑149 (MQ=255) ccATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTg > 1:2839127/1‑149 (MQ=255) aTTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTc > 1:2222048/1‑149 (MQ=255) aTCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCTGGt < 1:1962845/149‑1 (MQ=255) tCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGtt < 1:1182695/149‑1 (MQ=255) tCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGtt > 1:4708310/1‑149 (MQ=255) gcATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCCGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCa > 1:4054563/1‑149 (MQ=255) cATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCaa < 1:4771397/149‑1 (MQ=255) atatTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCaaa < 1:1364741/149‑1 (MQ=255) tatTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAg < 1:3680238/149‑1 (MQ=255) tatTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAg > 1:4119239/1‑149 (MQ=255) tatTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAg < 2:1081344/149‑1 (MQ=255) atTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGTCTGTCCGGTTAATTCAAAGc > 2:5143300/1‑149 (MQ=255) atTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGc < 1:1450849/149‑1 (MQ=255) ttGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGTCTGTCCGGTTAATTCAAAGCt < 1:2612513/149‑1 (MQ=255) tGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTg < 2:3436223/149‑1 (MQ=255) tGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTg < 2:838851/149‑1 (MQ=255) gAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGTAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGt > 2:4783900/1‑149 (MQ=255) gAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGt < 1:1689877/149‑1 (MQ=255) gAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGAGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGt < 1:3189576/149‑1 (MQ=255) ttCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTga < 2:1967124/149‑1 (MQ=255) tCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTgag > 1:4316657/1‑149 (MQ=255) aaCGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGAt > 2:3821606/1‑149 (MQ=255) cGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTg > 2:910385/1‑149 (MQ=255) gCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGc < 2:623624/149‑1 (MQ=255) gCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGc > 2:4004056/1‑149 (MQ=255) ccACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGcc > 2:1278165/1‑149 (MQ=255) aCTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCAt < 2:2496385/149‑1 (MQ=255) cTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATc > 2:863851/1‑149 (MQ=255) cTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATc > 2:562982/1‑149 (MQ=255) cTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATc < 1:5081150/149‑1 (MQ=255) 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cggcggGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTa < 1:1398314/149‑1 (MQ=255) gggAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGc > 2:1383426/1‑149 (MQ=255) ggAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCt > 1:3296245/1‑149 (MQ=255) ggAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCt > 1:923191/1‑149 (MQ=255) ggAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCt < 1:348033/149‑1 (MQ=255) 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tGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGc > 1:2307589/1‑149 (MQ=255) aaTGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGctct > 1:2481395/1‑149 (MQ=255) aTGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTa > 2:4150682/1‑149 (MQ=255) gATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATg > 1:2020120/1‑149 (MQ=255) aTCCGCACCAGTCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtat < 1:1859217/149‑1 (MQ=255) aTCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtat > 2:4210744/1‑149 (MQ=255) aTCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtat < 2:1656135/149‑1 (MQ=255) tCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTTAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtata > 2:2416178/1‑149 (MQ=255) tCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtata > 2:1882466/1‑149 (MQ=255) tCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtata < 1:2740324/149‑1 (MQ=255) tCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtata < 1:1770390/149‑1 (MQ=255) tCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTtata > 2:259969/1‑149 (MQ=255) cGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAgg < 1:4105847/149‑1 (MQ=255) gCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGt > 1:3565394/1‑149 (MQ=255) gCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGt < 2:1607035/149‑1 (MQ=255) cACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTc > 2:1919985/1‑149 (MQ=255) ccAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGc > 1:1030436/1‑149 (MQ=255) ccAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGATCTATGTTATAGGTCGc < 1:5043884/149‑1 (MQ=255) aGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCAc > 2:2913365/1‑149 (MQ=255) gCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCAcc > 2:4095905/1‑149 (MQ=255) gCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCAcc < 2:3547203/149‑1 (MQ=255) ccTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCACCa > 1:3421823/1‑149 (MQ=255) | CACCATTCATCGGCGGCATATTGAGTTCAACGCCACTTTGTTCCGGCAACGGCGGGAGCGTTTTACTGTCTGCCGCCCAAATAGCACGATCGAGCGTCAGCTTTTGACCGAGCAACCAGCGGCTATTGAAATGATTATCCGCACCAGCCTGTCCGGTTAATTCAAAGCTGTTGAGATTGCCATCAACCTTAACGTTTACCGCTAGTGGTTCACCCGCAGGTTTGGCTAACGGTGAAGGTAAGTGACTGCTCACATTCTTTAGATCGCCGTTCAGCTCTATGTTATAGGTCGCACCA > CP009273/3386974‑3387269 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |