| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,465,121 | C→A | 5.7% | D585Y (GAC→TAC) | fusA ← | protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,465,121 | 0 | C | A | 5.7% | 1300.2 / 38.7 | 335 | D585Y (GAC→TAC) | fusA | protein chain elongation factor EF‑G, GTP‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (162/153); new base A (10/10); total (172/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TCACCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTTGATGAA > CP009273/3464973‑3465268 | aCCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTAAt < 1:485062/149‑1 (MQ=255) gATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAATGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGt > 2:3349308/1‑149 (MQ=255) tcaCGTCACCGGTGTTCTCTTCCGTATTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCATTCTTTTATGGCGTTAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTaa < 1:2137915/147‑1 (MQ=255) aaCGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAg > 2:3535957/1‑149 (MQ=255) aCGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGa > 1:3290128/1‑149 (MQ=255) gTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAAc < 1:4304506/149‑1 (MQ=255) ggTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGt > 2:3795020/1‑149 (MQ=255) ggTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGt > 2:1929608/1‑149 (MQ=255) gtgtTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGGTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAAAGTCATGGTAAGAACCGAAGTg > 1:3552012/1‑149 (MQ=255) tctcTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGa < 2:2274953/149‑1 (MQ=255) tctcTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGa < 2:1032189/149‑1 (MQ=255) tctTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTATTAAATCCTTATTTAAATGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAAAGCCACTTCAGAGGAGTCAAAGTCATGTTAAGAACAGAAATTCAGaag > 1:3490887/1‑147 (MQ=255) cGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATAc < 1:1646698/149‑1 (MQ=255) cGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATAc > 2:2796205/1‑149 (MQ=255) cGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATAc < 2:349952/149‑1 (MQ=255) ggAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATAcc < 2:1527198/149‑1 (MQ=255) gAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTAATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATAccc > 2:3208997/1‑149 (MQ=255) gAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTAATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATAccc > 2:1724839/1‑149 (MQ=255) ttCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGt > 1:4659270/1‑149 (MQ=255) tCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAGCGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCAAGTc > 1:1756088/1‑149 (MQ=255) tACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTcta > 1:4914036/1‑149 (MQ=255) aCTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTctac < 2:657695/149‑1 (MQ=255) cTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTctact > 2:2701936/1‑149 (MQ=255) tCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCtactac < 2:1637563/149‑1 (MQ=255) tCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCtactac < 2:3760557/149‑1 (MQ=255) tCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCtactac < 2:880742/149‑1 (MQ=255) tCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCtactac > 1:3866543/1‑149 (MQ=255) aCCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCgg < 2:3146669/149‑1 (MQ=255) aCCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCgg > 2:2035787/1‑149 (MQ=255) ccTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCACTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTAATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCggg > 1:1886930/1‑149 (MQ=255) cTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGt < 2:4161022/149‑1 (MQ=255) cTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGt < 1:4723156/149‑1 (MQ=255) tGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCt < 1:704331/149‑1 (MQ=255) tCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGcc < 1:1004608/149‑1 (MQ=255) tCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGcc > 2:740414/1‑149 (MQ=255) tCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGcc < 2:4247955/149‑1 (MQ=255) tCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGcc > 1:1442594/1‑149 (MQ=255) ggCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAg > 2:345166/1‑149 (MQ=255) aGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTCGCCTGCCAGCGGAcc > 2:4117409/1‑149 (MQ=255) aGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGc < 1:634038/149‑1 (MQ=255) aGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGc > 1:4085835/1‑149 (MQ=255) aaCTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCtt > 2:2666210/1‑149 (MQ=255) aCTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCttt < 1:5036649/149‑1 (MQ=255) cTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTc > 1:5171668/1‑149 (MQ=255) cTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTc > 1:4520136/1‑149 (MQ=255) gTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGc > 2:3285171/1‑149 (MQ=255) gTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGc < 1:1715248/149‑1 (MQ=255) tCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGt < 2:3586949/149‑1 (MQ=255) cGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGtt < 2:480689/149‑1 (MQ=255) cGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGtt > 1:2387037/1‑149 (MQ=255) gCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTc > 2:5093904/1‑149 (MQ=255) cTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTcc > 2:2360346/1‑149 (MQ=255) cTTTATTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTcc < 1:4054436/149‑1 (MQ=255) tttCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCt > 2:4639702/1‑149 (MQ=255) tttCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCt > 2:803991/1‑149 (MQ=255) tAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTCGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATa > 2:1863309/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATAc > 1:3723888/1‑149 (MQ=255) aaaGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATAc < 1:520675/149‑1 (MQ=255) gCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCCGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTACGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCtt > 1:1176723/1‑149 (MQ=255) ccTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCttt > 2:364982/1‑149 (MQ=255) tcttTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATc < 1:340103/149‑1 (MQ=255) tttAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCaa > 2:2967770/1‑149 (MQ=255) ttAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAAc < 2:2441051/149‑1 (MQ=255) ttAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAAc > 2:4886992/1‑149 (MQ=255) gaaaGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACg < 2:3669110/148‑1 (MQ=255) aaGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTAATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGc < 2:4611870/149‑1 (MQ=255) aGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGcc < 2:1403418/149‑1 (MQ=255) ggCGATAGAAGCAGCCATTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACTTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCg < 2:447134/149‑1 (MQ=255) ggCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCg > 1:2163820/1‑149 (MQ=255) ggCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCg > 2:2620970/1‑149 (MQ=255) gCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCgg < 1:852544/149‑1 (MQ=255) gATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGa > 2:1252660/1‑149 (MQ=255) aTAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGAt < 2:2209272/149‑1 (MQ=255) gAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTa > 1:2279654/1‑149 (MQ=255) gcCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGcc < 1:4701093/149‑1 (MQ=255) gcCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGcc > 2:1061443/1‑149 (MQ=255) ccAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCa < 2:501344/149‑1 (MQ=255) cAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAg > 1:2714350/1‑149 (MQ=255) aGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAgg > 1:3121444/1‑149 (MQ=255) aGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGAATTCGCCAgg > 2:3126452/1‑149 (MQ=255) gTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAggg > 1:3362723/1‑149 (MQ=255) tttAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGa > 2:28618/1‑149 (MQ=255) ttAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGAt > 1:1130270/1‑149 (MQ=255) ttAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGAt < 1:3535957/149‑1 (MQ=255) tAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGAtt < 2:4733591/149‑1 (MQ=255) aaaCGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTa > 1:3042048/1‑149 (MQ=255) aaaCGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTa < 2:667973/149‑1 (MQ=255) aCGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTaca < 1:1799267/149‑1 (MQ=255) aCGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTaca < 2:3386142/149‑1 (MQ=255) gCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTAcacc > 2:3315476/1‑149 (MQ=255) gCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTAcacc > 1:283510/1‑149 (MQ=255) gTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCt < 2:5191947/149‑1 (MQ=255) gTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCt < 1:3803392/149‑1 (MQ=255) ttCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCtt < 1:1399930/149‑1 (MQ=255) aggagTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATg > 2:4677390/1‑149 (MQ=255) aggagTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATg < 2:4992479/149‑1 (MQ=255) ggagTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGt < 1:4563059/149‑1 (MQ=255) gTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTtgatga > 1:1305261/1‑149 (MQ=255) tCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTTGATGaa > 2:1108873/1‑149 (MQ=255) tCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTTGATGaa < 1:511173/149‑1 (MQ=255) | TCACCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGGTTTCGCTTTCTTAAAGCCTTCTTTAAAGGCGATAGAAGCAGCCAGTTTAAACGCCAGTTCAGAGGAGTCAACGTCATGGTAAGAACCGAAGTGCAGACGAATACCCATGTCTACTACCGGGTAGCCTGCCAGCGGACCTGCTTTCAGCTGTTCCTGGATACCTTTATCAACGGCCGGGATGTATTCGCCAGGGATTACACCACCTTTAATGTCGTTGATGAA > CP009273/3464973‑3465268 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |