| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,469,871 | T→A | 5.0% | intergenic (‑72/+95) | yheO ← / ← fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,469,871 | 0 | T | A | 5.0% | 726.3 / 3.6 | 242 | intergenic (‑72/+95) | yheO/fkpA | putative PAS domain‑containing DNA‑binding transcriptional regulator/FKBP‑type peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase (rotamase) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (122/102); new base A (14/4); total (136/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.19e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
AAATCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATG‑‑AAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTAAATTAATACAGCGGAGGTTCCGCTTTCCAGCACTAATTATATCCGGCCTGTAATAAAAAAACCGCCGCCTGGTCAGGCGGCGGTTCTTAATGCTTATTTTTTAGCAGAATCTGCGGCTTTCGCATCAGCTTCCGGCTTTGCATCAGC > CP009273/3469723‑3470019 | tCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATG‑‑AAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTaaa > 2:932026/1‑149 (MQ=255) tCGGTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATG‑‑AAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTaaa > 1:4222495/1‑149 (MQ=255) ggTCTGGTCGAAAGGACGTTGATCCAGTAAATCCAACTCACTGGTTTCGTTGGTTAAAAGCGACCTGGACATGAAAAAAAAAACACTCCTTTTCAGGAGCCTGTCGTTAACTTTTCAGGGCAGGCTCATTAATGATGCGGGTAACTaaa < 2:187496/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |