| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,574,166 | G→T | 6.0% | intergenic (‑1/+121) | yhhX ← / ← ryhB | putative oxidoreductase/sRNA antisense regulator mediating positive Fur regulon response, Hfq‑dependent; global iron regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,574,166 | 0 | G | T | 6.0% | 1178.7 / 36.6 | 304 | intergenic (‑1/+121) | yhhX/ryhB | putative oxidoreductase/sRNA antisense regulator mediating positive Fur regulon response, Hfq‑dependent; global iron regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (160/124); new base T (10/10); total (170/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GGGAATAAATGGGAGCCTGTTCTTCCGGCTTCGCATGGCGACGAAAAATATGCGCGACATGCCAGCTATCCTTGCGGTTAAGTACATACGGCAGATGGTAACGGGTGGTGCTTTTGCCGAAGCCAATAAAGGCGCAGTTGATGACCATGATTTCGTCCTTTTTAAGGTGGTTATTTACACCTTAGCGCAAAGCGGACGTGGTTCCTACTGGAGTGCGCATAACGAACACAAGCACTCCCGTGGATAAATTGAGAACGAAAGATC‑AAAAAAAAAGCCAGCACCCGGCTGGCTAAGTAA > CP009273/3574018‑3574314 | gggAATAAATGGGAGCCTGTTCTTCCGGCTTCGCATGGCGACGAAAAATATGCGCGACATGCCAGCTATCCTTGCGGTTAAGTACATACGGCAGATGGTAACGGGTGGTGCTTTTGCCGAAGCCAATAAAGGCGCAGTTGATGACCATg > 1:2804740/1‑149 (MQ=255) gAATAAATGGGAGCCTGTTCTTCCGGCTTCGCATGGCGACGAAAAATATGCGCGACATGCCAGCTATCCTTGCGGTTAAGTACATACGGCAGATGGTAACGGGTGGTGCTTTTGCCGAAGCCAATAAAGGCGCAGTTGATGACCATGAt > 2:1362433/1‑149 (MQ=255) aaTAAATGGGAGCCTGTTCTTCCGGCTTCGCATGGCGACGAAAAATATGCGCGACATGCCAGCTATCCTTGCGGTTAAGTACATACGGCAGATGGTAACGGGTGGTGCTTTTGCCGAAGCCAATAAAGGCGCAGTTGATGACCattatt < 1:3931837/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |