Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,609,368 | T→A | 9.1% | F256L (TTT→TTA) | nikB → | nickel transporter subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,609,368 | 0 | T | A | 9.1% | 1040.8 / 73.4 | 296 | F256L (TTT→TTA) | nikB | nickel transporter subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (114/155); new base A (14/13); total (128/168) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
ACGTCACCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCA > CP009273/3609220‑3609516 | acgtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCttt < 2:849466/149‑1 (MQ=255) acgtcacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCttt < 1:544702/149‑1 (MQ=255) cacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCt < 2:3728684/149‑1 (MQ=255) cacCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCt > 2:390341/1‑149 (MQ=255) acCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCTCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTg < 1:3935149/149‑1 (MQ=255) gggCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCg > 2:4411887/1‑149 (MQ=255) gcgcGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCggg < 1:2968620/149‑1 (MQ=255) gTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTc > 1:1934249/1‑149 (MQ=255) tCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCg > 2:1649644/1‑149 (MQ=255) tCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCg > 2:1478901/1‑149 (MQ=255) tCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCg > 1:2589935/1‑149 (MQ=255) gcgcGGCCTGACCGACAAACAGACCGAACGTCGCCACAGCCTGCGCAAGGCCTCGCGGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTAGCCTGGCCGGGCGTCGGgc < 2:3663535/149‑1 (MQ=255) cTGATCGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGc < 1:4948842/149‑1 (MQ=255) tGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCg > 1:3765093/1‑149 (MQ=255) tGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCg > 1:4450207/1‑149 (MQ=255) aCGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGgtg < 1:3396714/149‑1 (MQ=255) aCGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGgtg < 1:3397221/149‑1 (MQ=255) cGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGgtgt < 1:798415/149‑1 (MQ=255) 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cTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGt > 2:1307692/1‑149 (MQ=255) cTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGt < 1:4639585/149‑1 (MQ=255) cTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGt < 2:1531847/149‑1 (MQ=255) tGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTg < 1:558105/149‑1 (MQ=255) cgcAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGAt > 1:3117663/1‑149 (MQ=255) 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gatgatCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCtga > 1:381616/1‑149 (MQ=255) gatgatCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCtga < 2:174848/149‑1 (MQ=255) atgatCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCtgat < 2:914945/149‑1 (MQ=255) tgatCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCtgatg < 1:647177/149‑1 (MQ=255) gatCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCtgatga < 2:3476305/149‑1 (MQ=255) 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gggATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGtttt < 1:903930/149‑1 (MQ=255) ggATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGttttt < 2:652194/149‑1 (MQ=255) tGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTtgtg > 1:3798709/1‑149 (MQ=255) atatCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTc < 1:2678625/149‑1 (MQ=255) tatCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCt > 1:971411/1‑149 (MQ=255) 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tGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCa < 2:2109625/149‑1 (MQ=255) tGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCa < 2:3144692/149‑1 (MQ=255) | ACGTCACCTGGGCGCGTCTGCGCGGCCTGAACGACAAACAGACCGAACGTCGCCACATCCTGCGCAATGCCTCGCTGCCGATGATCACCGCCGTGGGGATGCATATCGGCGAACTGATTGGCGGGACGATGATTATCGAAAACATCTTTGCCTGGCCGGGCGTCGGGCGCTATGCGGTGTCGGCGATTTTTAACCGTGACTATCCGGTGATCCAGTGCTTTACGCTGATGATGGTGGTGGTTTTTGTGGTCTGTAATTTGATTGTCGATTTGCTCAACGCCGCGCTGGACCCGCGCA > CP009273/3609220‑3609516 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |