| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,622,519 | C→A | 11.1% | R127L (CGA→CTA) | rbbA ← | ribosome‑associated ATPase: ATP‑binding protein/ATP‑binding membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,622,519 | 0 | C | A | 11.1% | 1190.1 / 90.7 | 328 | R127L (CGA→CTA) | rbbA | ribosome‑associated ATPase: ATP‑binding protein/ATP‑binding membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (154/137); new base A (19/17); total (173/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
GTTGTTGGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCTTTGTCGTGACCGAACAGGCGAGCGAAAAAATCGACGTTTTCATACACCGACAAGGTGTGGTAGAGGTTTTTGCCCAGCCCCTGCGGCATCCAGGCGATGCGCGGGCAGACGTCGCGGCGATGCTTCGGGT > CP009273/3622372‑3622666 | gttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCAc > 2:2747975/1‑149 (MQ=255) gttgGCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCAc < 2:302961/149‑1 (MQ=255) ggCTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTc > 1:2644076/1‑149 (MQ=255) cTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTccc < 1:1903746/149‑1 (MQ=255) cTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTccc < 2:3551370/149‑1 (MQ=255) cTCATCAAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTccc < 1:2780742/149‑1 (MQ=255) catcaAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTGGCACTTCccgc < 1:1834234/149‑1 (MQ=255) catcaAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgc < 1:3025245/149‑1 (MQ=255) tcaAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgctc > 2:116794/1‑149 (MQ=255) tcaAGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTGTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgctc < 1:3260511/149‑1 (MQ=255) aGGATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTAGCACTTCccgctccgc > 2:1100444/1‑149 (MQ=255) ggATCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCccgctccgct > 2:3823373/1‑149 (MQ=255) aTCAACAGTTCCGGGTCGTGGATTAACGCGCAGCACAGCCCAAGTTTTTGCTTCATCCCGCCGGAGAGTTTCCCTGCCGGACGATCGCGAAACGGTGCTAACCCGGTGCTGGTCAGCAGCTCATTGATTCGCACTTCCCGCTCCGCttt < 2:3889589/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |