Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 3,631,222 | A→G | 6.9% | Y74C (TAT→TGT) | pitA → | phosphate transporter, low‑affinity; tellurite importer |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,631,222 | 0 | A | G | 6.9% | 976.2 / 46.5 | 292 | Y74C (TAT→TGT) | pitA | phosphate transporter, low‑affinity; tellurite importer |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/155); new base G (5/15); total (122/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.72e-01 |
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
TCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACG > CP009273/3631075‑3631370 | tCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTAt < 1:4658528/149‑1 (MQ=255) cTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCtgtg < 1:4978352/149‑1 (MQ=255) gAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCAt > 2:2296932/1‑149 (MQ=255) gAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCAt < 2:2807559/149‑1 (MQ=255) aaGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCAtt > 2:3529941/1‑149 (MQ=255) aaGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCAtt > 2:643225/1‑149 (MQ=255) aaGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCAtt > 2:2055567/1‑149 (MQ=255) aaGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGGTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCAtt > 2:3195550/1‑149 (MQ=255) gCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATtgt > 2:4027118/1‑149 (MQ=255) gCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATtgt < 1:2666340/149‑1 (MQ=255) gCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATtgt > 1:3966769/1‑149 (MQ=255) tCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCat > 1:4840053/1‑149 (MQ=255) tCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCat > 1:2467302/1‑149 (MQ=255) tGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATAtgc < 2:267189/149‑1 (MQ=255) ggTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATAtgct < 2:2541617/149‑1 (MQ=255) ggTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATAtgct < 1:2518802/149‑1 (MQ=255) tttCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTGTGCCATTGTGCATAtgctgc < 1:4388706/149‑1 (MQ=255) tttCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATAtgctgc < 1:2584541/149‑1 (MQ=255) 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cacaGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATc < 2:1693913/149‑1 (MQ=255) cacaGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATc > 1:1030348/1‑149 (MQ=255) cacaGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATc < 1:2324231/149‑1 (MQ=255) acaGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATct < 1:3806462/149‑1 (MQ=255) acaGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATct < 1:1210835/149‑1 (MQ=255) 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ggTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGa > 2:693799/1‑149 (MQ=255) aTTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAAcc < 2:568254/149‑1 (MQ=255) ttCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTCCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTAGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTTTAACCt > 2:2267881/1‑149 (MQ=255) aaCTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTggg > 1:1888372/1‑149 (MQ=255) ttttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTAcc < 2:750727/149‑1 (MQ=255) tttGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCt < 1:721884/149‑1 (MQ=255) ggTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTa < 2:937585/149‑1 (MQ=255) gtTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACtt < 1:4324266/149‑1 (MQ=255) ttttGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACttt < 1:3489152/149‑1 (MQ=255) ttttGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACttt > 1:5078977/1‑149 (MQ=255) tGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTa < 2:2068706/149‑1 (MQ=255) gtggtCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCt < 1:4717190/149‑1 (MQ=255) gtggtCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCt < 2:5112158/149‑1 (MQ=255) gtCTGAGTGTTGCCTGTGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCa > 1:852400/1‑149 (MQ=255) tGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATcc < 1:5028543/149‑1 (MQ=255) gtgtTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGc > 2:4157968/1‑149 (MQ=255) tgtTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGct > 2:4321649/1‑149 (MQ=255) tGCCTGTGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCtctc < 1:787086/149‑1 (MQ=255) tGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCtctc < 1:1116790/149‑1 (MQ=255) gCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCa > 1:4145152/1‑149 (MQ=255) gCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCa > 1:1219621/1‑149 (MQ=255) cTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATa < 2:2028813/149‑1 (MQ=255) | TCTACGAAGCCATCAATGGTTTCCATGACACAGCCAACGCCGTGGCAACCGTTATCTATACCCGCGCGATGCGTTCTCAGCTCGCCGTGGTTATGGCGGCGGTATTCAACTTTTTGGGTGTTTTGCTGGGTGGTCTGAGTGTTGCCTATGCCATTGTGCATATGCTGCCGACGGATCTGCTGCTTAATATGGGATCGTCTCATGGCCTTGCCATGGTGTTCTCTATGTTGCTGGCGGCGATTATCTGGAACCTGGGTACCTGGTACTTTGGTTTACCTGCATCCAGCTCTCATACG > CP009273/3631075‑3631370 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |