| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 325,936 | A→T | 7.3% | K255* (AAG→TAG) | betT → | choline transporter of high affinity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 325,936 | 0 | A | T | 7.3% | 1264.4 / 65.4 | 350 | K255* (AAG→TAG) | betT | choline transporter of high affinity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (171/153); new base T (17/9); total (188/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 358 total aligned reads displayed.
TATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATCGCCTTGTCGGTGATAATCGCCACGATCTCTGTCACCTCCGGTGTCGATAAGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCTTTATGGGCATGACGCT > CP009273/325788‑326084 | aTTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTNTGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATCGCCTTGTCGGTGATAATCGCCACGNTCTCTGTCACCTCCGGTGTCGATaa > 1:3124659/1‑149 (MQ=255) aTTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATCGCCTTGTCGGTGATAATCGCCACGATCTCTGTCACCTCCGGTGTCGATaa < 1:550622/149‑1 (MQ=255) aTTGCCACCACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATCGCCTTGTCGGTGATAATCGCCACGATCTCTGTCACCTCCGGTGTCGATaa > 2:4137777/1‑149 (MQ=255) 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ccTCCGGTGTCGATAAGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCttt > 1:2448518/1‑149 (MQ=255) cTCCGGTGTCGATAAGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCTTTa > 2:3291999/1‑149 (MQ=255) gtgtCGATAAGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCTTTATGGGc < 2:3656554/149‑1 (MQ=255) tgtCGATAAGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCTTTATGGGCa < 1:1906092/149‑1 (MQ=255) tgtCGATAAGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCTTTATGGGCa < 2:2344320/149‑1 (MQ=255) 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tAAGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCTTTATGGGCATGACGc < 1:5160846/149‑1 (MQ=255) aaGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCTTTATGGGCATGACGCt < 2:3595230/149‑1 (MQ=255) | TATTGCCACTACGCTCGGTATCGGTGTGGTGCAGCTTAACTATGGCTTGAGCGTACTGTTTGATATTCCCGATTCGATGGCGGCGAAAGCGGCACTGATCGCCTTGTCGGTGATAATCGCCACGATCTCTGTCACCTCCGGTGTCGATAAGGGCATTCGCGTGTTATCGGAGCTTAATGTCGCGCTGGCGCTGGGATTGATCCTGTTCGTATTGTTTATGGGCGACACTTCGTTCCTGCTTAATGCACTGGTGCTGAATGTTGGCGACTATGTGAATCGCTTTATGGGCATGACGCT > CP009273/325788‑326084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |