| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,727,917 | C→A | 5.7% | L280I (CTC→ATC) | xylH → | D‑xylose ABC transporter permease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,727,917 | 0 | C | A | 5.7% | 1245.1 / 38.6 | 318 | L280I (CTC→ATC) | xylH | D‑xylose ABC transporter permease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/141); new base A (10/8); total (169/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
GCAATCTGGCTGTTGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTAACGTTGAACGCACCAAACTTGCCGTGTTCGCGATTAACGGATTAATGGTAGCCATCGCCGGATTAATCCTTAGTTCTCGACTTGGCGCTGGTTCACCTTCTGCGGGAAATATCGCCGAACTGGACGCAATTGCAGC > CP009273/3727770‑3728065 | gcAATCTGGCTGTTGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCCACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGtct > 1:3945232/1‑149 (MQ=255) aaTCTGGCTGTTGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGtctct > 2:3941370/1‑149 (MQ=255) aTCTGGCTGTTGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGtctctc < 2:5056630/149‑1 (MQ=255) aTCTGGCTGTTGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGtctctc > 1:4226742/1‑149 (MQ=255) cTGTTGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGAt < 2:4799873/149‑1 (MQ=255) cTGTTGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTATCTCCGGGAt < 2:2424598/149‑1 (MQ=255) gTTGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTa > 1:283091/1‑149 (MQ=255) ttGAATGATTACCGTGGCGTTCCCACTCCTGTTCTGCTGCTGACGTTGCTGTTACTCGGCGGAATGTTTATGGCAACGCGGACGGCATTTGGACGACGCATTTATGCCATCGGCGGCAATCTGGAAGCAGCACGTCTCTCCGGGATTaa < 2:884186/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |