Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,837,177 | C→T | 24.9% | intergenic (‑28/‑147) | yicO ← / → ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,837,177 | 0 | C | T | 24.9% | 696.0 / 241.3 | 332 | intergenic (‑28/‑147) | yicO/ade | putative adenine permease/cryptic adenine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/143); new base T (38/44); total (145/187) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 |
Only 100 of 347 total aligned reads displayed.
AAAAAGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAATAT > CP009273/3837029‑3837325 | aaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATc < 2:1502989/149‑1 (MQ=255) aaaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATc < 2:2041076/149‑1 (MQ=255) aaaaGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATcc < 2:1149527/149‑1 (MQ=255) 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ttAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGaaa < 1:4353504/149‑1 (MQ=255) cccTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAatat < 1:2657095/149‑1 (MQ=255) | AAAAAGTGGTCATCCCCGCAATCAATTCTGTGCGGACGGTGGTCCCATGCTGAGGTAGTTTAAATAATCGCGAAAGCGTCCCTGATTCATTACTCACGTAATCGGTATTGTCATTATTCATTTTTTTGTCCATTGGAGGAGATTTAATCCCTTGCTTTTGTAAAACAAATGACAACAACGGTTCAGTGATAATTATCACATTTCAATTGCACATTAATGGATATTCTTTAATAATCTCGCGACGTTTCTTTATGATAAATAATAATCAAATTGATAAAATCAAAATGAGAAAAATAT > CP009273/3837029‑3837325 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |