| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,915,397 | A→C | 7.2% | N5K (AAT→AAG) | atpB ← | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,915,397 | 0 | A | C | 7.2% | 1253.7 / 70.5 | 372 | N5K (AAT→AAG) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (188/156); new base C (15/12); total (203/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
ACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAACA > CP009273/3915249‑3915544 | caGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCatat > 1:108781/1‑149 (MQ=255) aGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATAtt < 1:4940573/149‑1 (MQ=255) gACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATAttt > 1:2346539/1‑149 (MQ=255) aCCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATAtttt < 2:1089714/149‑1 (MQ=255) ccAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCt < 1:4750149/149‑1 (MQ=255) ccAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCt > 1:3086190/1‑149 (MQ=255) ccAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCt < 1:3743800/149‑1 (MQ=255) aGCACCCCCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGa < 1:3824839/149‑1 (MQ=255) gCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGaa < 1:607585/149‑1 (MQ=255) accaccGAGAAGTACATTGAGTCTATATTGATTGTCCAGTAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATGCTGCGGCGTCATATTTTCTGTAGc < 2:2553856/149‑1 (MQ=255) accaccGAGAAGAACATGGAGTCAATTTTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGTAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTATTCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGc < 2:4323475/149‑1 (MQ=255) accaccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGc < 2:3601816/149‑1 (MQ=255) accaccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGc < 2:1004441/149‑1 (MQ=255) accaccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGc > 1:87471/1‑149 (MQ=255) ccaccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGcc > 1:798816/1‑149 (MQ=255) caccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCa < 2:4197696/149‑1 (MQ=255) accGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCat > 1:1452204/1‑149 (MQ=255) ccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatg < 2:4637823/149‑1 (MQ=255) ccGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatg > 2:2238279/1‑149 (MQ=255) cGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatga < 2:425546/149‑1 (MQ=255) gagaAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatgat < 1:2818246/149‑1 (MQ=255) agaagaACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCatgatg > 1:3209550/1‑149 (MQ=255) gaagaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAATCCATGATGc > 2:3261781/1‑149 (MQ=255) gaagaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGc > 2:4440286/1‑149 (MQ=255) aagaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGcc > 1:4452756/1‑149 (MQ=255) gaaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCtt > 2:1921600/1‑149 (MQ=255) aaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGACGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCttt > 1:1397065/1‑149 (MQ=255) aaCATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCttt < 1:407354/149‑1 (MQ=255) tGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTAcc > 2:1768722/1‑149 (MQ=255) aGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCtt < 2:257200/149‑1 (MQ=255) tCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttg < 2:4683796/149‑1 (MQ=255) tCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttg > 1:772341/1‑149 (MQ=255) cAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgt < 2:2694420/149‑1 (MQ=255) aaTATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgtt > 2:5039457/1‑149 (MQ=255) aaTATTGAGTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgtt < 2:4794803/149‑1 (MQ=255) atatTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTttgttg > 2:2176979/1‑149 (MQ=255) attgattgTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTgttgtt > 2:1990682/1‑149 (MQ=255) ttgattgTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTa > 1:448821/1‑149 (MQ=255) gattgTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAAt < 1:4288956/149‑1 (MQ=255) ttgTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTa > 2:312056/1‑149 (MQ=255) ttgTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTa > 2:5158380/1‑149 (MQ=255) ttgTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTa > 2:352462/1‑149 (MQ=255) ccAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGc < 2:3063895/149‑1 (MQ=255) ccAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGc < 1:334690/149‑1 (MQ=255) cAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGcc > 1:4567369/1‑149 (MQ=255) aGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCg > 2:304629/1‑149 (MQ=255) aGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCg > 1:1707200/1‑149 (MQ=255) aGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCg > 2:4108253/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCgg < 2:2885099/149‑1 (MQ=255) gAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCgg > 1:3266922/1‑149 (MQ=255) aaGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGt < 1:5067185/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGt < 1:1902212/149‑1 (MQ=255) aaGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGt > 2:2620758/1‑149 (MQ=255) ggCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAg > 2:181529/1‑149 (MQ=255) cTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTa < 1:1983057/149‑1 (MQ=255) gggggTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCt > 2:3674726/1‑149 (MQ=255) gggggTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCt > 2:1491557/1‑149 (MQ=255) ggTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGaa < 1:3186778/149‑1 (MQ=255) ttttGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAacc > 1:2783084/1‑149 (MQ=255) ttGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAaccac < 1:718897/149‑1 (MQ=255) tgtgGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAaccacc > 1:2284550/1‑149 (MQ=255) gtgGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAAccacca > 1:2015393/1‑149 (MQ=255) ggATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGc > 1:1487301/1‑149 (MQ=255) aGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAAcc < 1:3556688/149‑1 (MQ=255) gagaATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCAc > 1:687425/1‑149 (MQ=255) gagaATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCAc > 2:442551/1‑149 (MQ=255) tGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAAc < 1:1140460/149‑1 (MQ=255) tGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAAc < 2:1244757/149‑1 (MQ=255) aCGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATATTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGAt > 2:3549928/1‑149 (MQ=255) cAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAg < 2:795364/149‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCg > 2:2965926/1‑149 (MQ=255) tCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGc > 2:56013/1‑149 (MQ=255) cAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCaa > 2:952630/1‑149 (MQ=255) cAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCaa < 1:3425163/149‑1 (MQ=255) cTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATCTTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGaa < 1:2227935/149‑1 (MQ=255) cTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCACGaa > 1:4360892/1‑149 (MQ=255) cTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGaa < 2:3368746/149‑1 (MQ=255) cTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGaa < 2:644194/149‑1 (MQ=255) tGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAAt > 2:3421724/1‑149 (MQ=255) tGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAAt > 2:4147414/1‑149 (MQ=255) aaGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATAc < 1:243198/149‑1 (MQ=255) aaGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATAc < 1:1038335/149‑1 (MQ=255) aGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATAcc > 2:3198281/1‑149 (MQ=255) aTTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCtt > 1:211123/1‑149 (MQ=255) aTTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCtt > 2:713584/1‑149 (MQ=255) ttCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCttt < 1:3308551/149‑1 (MQ=255) ggtggtGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTaaaa > 1:3514758/1‑149 (MQ=255) ggtggtGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTaaaa < 1:1307158/149‑1 (MQ=255) tCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCaa < 2:3774646/149‑1 (MQ=255) aTGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGcc < 1:1768722/149‑1 (MQ=255) aTGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGcc > 2:248414/1‑149 (MQ=255) aTCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGccaccac > 1:2942337/1‑149 (MQ=255) cTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAg > 2:3977016/1‑149 (MQ=255) tGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGt < 1:2514156/149‑1 (MQ=255) gcgTCTTTTTGTCTGTTGCAATGTTGGGTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACTGCGGGTGCCAGTATCTGAACCACCTGCACCAAAACCCAGGTAAGTTTGAGCGGCAAGATTACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAaca < 1:453886/149‑1 (MQ=255) tCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCa > 1:1569983/1‑149 (MQ=255) cATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCaa < 1:4029626/149‑1 (MQ=255) atatTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAAc > 1:305818/1‑149 (MQ=255) atatTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAAc > 1:1609138/1‑149 (MQ=255) tatTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAACa < 2:23723/149‑1 (MQ=255) | ACAGACCCAGCACCACCGAGAAGAACATGGAGTCAATATTGATTGTCCAGAAGGTGGCTGGGGGGTTTTGTGGATCCACCAGCGAGAATGTACGCAGGTCCAGCTGAAGGTTATTCAGGTGGTGTCCTATGTAATCCTGCGGCGTCATATTTTCTGAAGCCATGATGCCTTTTACCCTTTGTTGTTAATTACAGCCGGTGCCAGTATCTGAACCACCAGCACCAAAACCCACGTAACGATCAGCGGCAAGAATACCGCCTTTAAAACCGCCAACGCCACCACCAGTAACACCAACA > CP009273/3915249‑3915544 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |