Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 29,139 | G→T | 25.4% | G256C (GGT→TGT) | dapB → | dihydrodipicolinate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 29,139 | 0 | G | T | 25.4% | 663.1 / 206.7 | 282 | G256C (GGT→TGT) | dapB | dihydrodipicolinate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (88/122); new base T (27/45); total (115/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TGGTTTTGCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTGATCTCAATAATTTGTAACCACAAAATATTTGTTATGGTGCAAAAATAACACATTTAATTTATTGATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTT > CP009273/28991‑29285 | gTTTTGCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGt < 1:600843/149‑1 (MQ=255) gCCACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGa > 2:4521144/1‑149 (MQ=255) cACCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGaaa < 2:2326254/149‑1 (MQ=255) aCCGTGCGTGCAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAg < 2:4115245/149‑1 (MQ=255) gtgcgtgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCgg > 2:540815/1‑149 (MQ=255) tgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCttt < 1:3752671/149‑1 (MQ=255) tgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCttt < 2:3285547/149‑1 (MQ=255) tgcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCttt > 2:1082337/1‑149 (MQ=255) gcAGGTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCtttt < 2:3209493/149‑1 (MQ=255) ggTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGa > 1:1213712/1‑149 (MQ=255) gTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGat < 1:4880623/149‑1 (MQ=255) gTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGat < 1:1292514/149‑1 (MQ=255) gTGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGat > 1:4168593/1‑149 (MQ=255) tGACATCGTTGGTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGata < 1:4780760/149‑1 (MQ=255) 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gTGAACATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTa > 1:3187078/1‑149 (MQ=255) aaCATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACtt < 2:3916430/149‑1 (MQ=255) aaCATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACtt < 2:4871738/149‑1 (MQ=255) aaCATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTGGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACtt > 1:768663/1‑149 (MQ=255) aCATACCGCGATGTTTGCCGATATTGGCGAGCGTCTGGAGATCACCCATAAGGCGTCCAGCCGTATGACATTTGCTAACGGCGCGGTAAGATCGGCTTTGTGGTTGAGTTGTAAGGAAAGCGGTCTTTTTGATATGCGAGATGTACTTg > 2:518685/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |