| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,246,967 | G→T | 6.3% | intergenic (+34/‑76) | dgkA → / → lexA | diacylglycerol kinase/transcriptional repressor of SOS regulon |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,246,967 | 0 | G | T | 6.3% | 1172.5 / 39.2 | 302 | intergenic (+34/‑76) | dgkA/lexA | diacylglycerol kinase/transcriptional repressor of SOS regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (151/132); new base T (10/9); total (161/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
TGAATACCATGAGCTTTCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAATCGCCTTTTGCTGTATATACTCACAGCATAACTGTATATACACCCAGGGGGCGGAATGAAAGCGTTAACGGCCAGGCAACAAGAGGTGTTTGATCTCATCCGTGATCACATCAGCCAGACAGGTATGC > CP009273/4246819‑4247115 | tGAATACCATGAGCTTTCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATtg > 1:197060/1‑149 (MQ=255)tGAATACCATGAGCTTTCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATtg < 2:2802006/149‑1 (MQ=255) aaTACCATGAGCTTTCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATtgtg > 1:4499079/1‑149 (MQ=255) tACCATGAGCTTTCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCa > 2:3078698/1‑149 (MQ=255) ccATGAGCTTTCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGt < 2:3825406/149‑1 (MQ=255) gAGCTTTCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTAt < 1:1526689/149‑1 (MQ=255) gCTTTCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATgg > 1:4717894/1‑149 (MQ=255) tttCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGtt < 1:4132693/149‑1 (MQ=255) ttCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTc > 2:5188262/1‑149 (MQ=255) tCCGGACGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTcc < 2:1455693/149‑1 (MQ=255) aCGCGCAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAAt < 1:1878235/149‑1 (MQ=255) gcAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAATCGcc < 2:4947370/149‑1 (MQ=255) gcAAAAGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAATCGcc < 1:3078698/149‑1 (MQ=255) aaaaGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAATCGCCtt > 1:2420431/1‑149 (MQ=255) aaaGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAATCGCCttt < 1:3672700/149‑1 (MQ=255) aaaGATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAATCGCCttt > 2:2483655/1‑149 (MQ=255) gATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAATCGCCTTTTGc > 2:2247894/1‑149 (MQ=255) gATATGGGATCCGCTGCGGTGCTGATTGCCATTATCGTCGCCGTGATTACCTGGTGCATTCTGTTATGGTCGCATTTTGGATAACCCTTCCAGAATTCGATAAATCTCTGGTTTATTGTGCAGTTTATGGTTCCAAAATCGCCTTTTGc > 2:2263576/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |