| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,280,478 | T→G | 5.4% | I25M (ATT→ATG) | nrfD → | formate‑dependent nitrite reductase, membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,280,478 | 0 | T | G | 5.4% | 1203.1 / 46.0 | 342 | I25M (ATT→ATG) | nrfD | formate‑dependent nitrite reductase, membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (174/148); new base G (7/12); total (182/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 349 total aligned reads displayed.
TACCGCTACAAGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACC > CP009273/4280330‑4280626 | tACCGCTACAAGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGAtt < 1:4604025/149‑1 (MQ=255)tACCGCTACAAGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGAtt > 1:3550499/1‑149 (MQ=255) cGCTACAAGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGt < 1:215151/149‑1 (MQ=255) gCTACAAGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTa > 2:2168456/1‑149 (MQ=255) cAAGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTc < 2:699551/149‑1 (MQ=255) aGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCCTTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGAGTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTctg > 2:323852/1‑149 (MQ=255) aGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTctg > 2:2144119/1‑149 (MQ=255) ggCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGctgg < 2:3900200/149‑1 (MQ=255) gcTGGGAACCAACCCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGctggtct < 2:981428/149‑1 (MQ=255) gcTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGctggtct > 1:2951653/1‑149 (MQ=255) gcTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGctggtct < 2:5140034/149‑1 (MQ=255) gggAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGctggtctggt > 1:4724614/1‑149 (MQ=255) ggAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCGGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTg < 1:4819735/149‑1 (MQ=255) gAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGa < 2:1746283/149‑1 (MQ=255) aaCCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAATTACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGAc > 2:448391/1‑149 (MQ=255) aaCCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGAc > 1:3284696/1‑149 (MQ=255) ccAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGc > 1:961748/1‑149 (MQ=255) cAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCt < 1:1478817/149‑1 (MQ=255) 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aaGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTg > 1:1989813/1‑149 (MQ=255) gCTGTACCGCGTACCGTTTAAATCCGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCt < 1:5114180/149‑1 (MQ=255) gTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGtt > 1:1836141/1‑149 (MQ=255) tACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTa < 2:2883929/149‑1 (MQ=255) cgcgTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGt < 2:620328/149‑1 (MQ=255) gTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGc < 2:3371388/149‑1 (MQ=255) gTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGc > 2:3046553/1‑149 (MQ=255) tACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCt < 1:102391/149‑1 (MQ=255) aCCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCtt > 1:3201576/1‑149 (MQ=255) ccGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACGTCCGCATTTCATTGTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATGGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTc < 2:4660787/149‑1 (MQ=255) gTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTa > 1:3604475/1‑149 (MQ=255) ttAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATGGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTAcc > 2:772175/1‑149 (MQ=255) aaaTACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCg > 2:3100071/1‑149 (MQ=255) aTACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCa < 2:853408/149‑1 (MQ=255) tACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAg < 2:4628460/149‑1 (MQ=255) tACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAg < 2:4193665/149‑1 (MQ=255) gAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGc < 1:576560/149‑1 (MQ=255) gCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGt < 1:2835388/149‑1 (MQ=255) gACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATGGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTtgc < 2:2706234/149‑1 (MQ=255) cTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTtgctg > 2:4747332/1‑149 (MQ=255) 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atttcatttTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGcacca > 2:2498007/1‑149 (MQ=255) tttcatttTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGcaccac > 1:3416446/1‑149 (MQ=255) tcatttTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGc < 2:3275719/149‑1 (MQ=255) tcatttTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACAACGc < 1:1602866/149‑1 (MQ=255) catttTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCt > 1:3805092/1‑149 (MQ=255) 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gATTGGGATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTcc < 1:4556706/149‑1 (MQ=255) aTTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCa > 1:1746131/1‑149 (MQ=255) | TACCGCTACAAGCTGGCGCTGGGAACCAAACCGAAGCTGTACCGCGTACCGTTTAAATACGGGGAGGTGAGCCAATGACGCAGACTTCCGCATTTCATTTTGAATCGCTGGTGTGGGACTGGCCGATTGCCATCTACCTGTTTTTGATTGGTATTTCTGCTGGTCTGGTGACGCTGGCCGTGCTGTTACGTCGCTTCTACCCGCAGGCGGGCGGTGCAGACAGTACGTTGCTGCGCACCACGCTGATTGTCGGGCCGGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACC > CP009273/4280330‑4280626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |