Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,601,014 | T→C | 11.5% | intergenic (+194/‑199) | prfC → / → osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,601,014 | 0 | T | C | 11.5% | 969.0 / 98.8 | 321 | intergenic (+194/‑199) | prfC/osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (149/134); new base C (23/14); total (173/148) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 335 total aligned reads displayed.
CTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTATCTAAAGCCGTCGATTGTCATTCTACCGATATTAATAACTGATTCAGAGGCTGTAATGGTCGTTATTCATCACTCATCGCTTTTGTGATGGCGACCATTGACTTCTGTAGAGGGTGAAGTCTCTCCCTATTCAGCAATGCA > CP009273/4600866‑4601162 | cttccttATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGat > 1:32629/1‑149 (MQ=255) tccttATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGatat > 2:3693923/1‑149 (MQ=255) tccttATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGatat > 2:3919318/1‑149 (MQ=255) tccttATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGacat < 2:5154446/149‑1 (MQ=255) ccttATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATc < 1:4408881/149‑1 (MQ=255) attaGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTa < 1:495358/149‑1 (MQ=255) ttaGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGATATCAGTAt < 1:4321994/149‑1 (MQ=255) taGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTTTCGCTGATATCCCGAGCGGTTTCAAAATTGTGATCTATATTTAACAAAGTGATGACATTTCTGACGGCGTTAAATACCGTTCAATGCGTAGACATCAGTATc > 1:3727175/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |