New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 376716 = | NA (NA) | 293 (0.960) | 158/278 | NT | 99.7% | intergenic (‑1/‑91) | yaiX/insC1 | pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase/IS2 repressor TnpA |
? | CP009273 | 566411 = | 1 (0.000) | coding (63/552 nt) | ybcL | inactive polymorphonuclear leukocyte migration suppressor; DLP12 prophage; secreted protein, UPF0098 family |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376863‑376716 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGTAACTG > CP009273/566411‑566559 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT > 1:29406/1‑150 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT > 2:5091288/1‑150 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT > 1:3788117/1‑150 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAT < 1:1709981/150‑1 ATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATAATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATT < 1:3485013/150‑1 TCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTT > 1:3323175/1‑150 TCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTT > 1:2455003/1‑150 CTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCA > 1:199818/1‑150 TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTA < 1:1026940/150‑1 TGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTA < 2:5071825/150‑1 GTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAG < 2:260146/150‑1 GGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTA < 1:2638979/150‑1 GTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAA < 1:1553574/150‑1 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2:1187223/1‑150 GTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATA > 2:4312348/1‑150 CGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAAC < 1:517806/150‑1 CGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAAC > 2:2962355/1‑150 GTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACA > 2:5314383/1‑150 CTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAG < 2:2878699/150‑1 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2:1468650/1‑150 CTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTT < 2:1068263/150‑1 CTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTATGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTT > 1:2969864/1‑150 AGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTCAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACA < 2:1224227/150‑1 GACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAA > 1:316937/1‑150 GACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAA < 1:4297062/150‑1 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1:1241926/150‑1 TTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTT < 1:4527437/150‑1 aTCCTATGACTAGTCTAAAATATAGTATTAAGTCTATCACTTATTTAAGTTATATTGGTTGTCTGGAGTTTCAGGGTGCCAGTCTATTTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAAAAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCT < 2:4639342/149‑1 taCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGAATATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGTCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTGTTATG > 2:1921391/3‑150 AATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGAT > 1:3063031/1‑150 AATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGAT > 1:72350/1‑150 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1:793046/1‑150 TATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAAC < 1:28711/150‑1 TATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAAC < 2:1361665/150‑1 ATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACC > 2:5244007/1‑150 TAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGG > 2:2012252/1‑150 TAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGG < 2:3240765/150‑1 AAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGT > 1:2586192/1‑150 AAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGT < 1:11847/150‑1 ATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGT > 1:4015415/1‑150 TGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTC > 2:1512601/1‑150 TGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTC < 1:4994727/150‑1 GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCC > 2:240120/1‑150 GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCC > 2:3724862/1‑150 GGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCC < 2:3337814/150‑1 TTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTG > 2:2341438/1‑150 TGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGA > 2:384950/1‑150 TCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAG < 2:4980532/150‑1 TGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGT < 2:4849386/150‑1 GAGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTAC < 1:494333/150‑1 AGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACACCGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACC < 2:3527385/150‑1 AGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACC < 1:2016469/150‑1 AGATTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACC > 1:3821769/1‑150 TTCAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAA > 1:4148756/1‑150 CAGGGGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAG > 2:3140923/1‑150 GGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTTGATTTGTGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGTTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTT > 2:1618800/1‑150 GGGCCAGTCTAATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTG‑AGGTACCAAAAGCTTTG > 2:3895026/1‑150 GGCCAGTCTAATTTCATGTCACTAGTAATGAAATATAACCAGGAGAGCAACTTACATCGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTTGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAACAGCTTTG < 2:2035532/150‑1 GATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP009273/376863‑376716 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATTTCAGGTCACTAGTAATGAAATAAAAACAGGAGAGCAACTTACAACGTCTCATGTCTTTTCTGGATTTGGGTGTGAAGGTGGTAATACATCGCCCTCATTAACCTGGTCTGGTGTTCCTGAAGGTACCAAAAGCTTTGCCGTAACTG > CP009273/566411‑566559 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |