Predicted mutation | |||||||
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JC | CP009273 | 2,811,717 | Δ134 bp | 8.0% | [argV] | [argV] |
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Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
GGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAACTTACTTTACTGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGC > CP009273/2811567‑2811865 | ggaggaTTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAACTTACTTTACTGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTa < 2:2235868/150‑1 (MQ=255) tCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAACTTACTTTACTGCAGAGTTTTTGTTACCGCTAATAAAGCAGTATCAAGTAAGAGATGGAGCATCCGGGAGTATAACTcacaa > 2:4824697/1‑146 (MQ=17) gAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAACTTACTTTACTGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTg < 1:4392118/150‑1 (MQ=255) 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agaTGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCggg > 1:2052102/1‑150 (MQ=255) aTGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGggag < 2:3191664/150‑1 (MQ=255) tGCATCCGGGAGGATTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagctacggatgcaaatggcggtgaggcggggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatactcccttagcaggggagcgccttc < 1:5091766‑M1/150‑135 (MQ=255) tGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGAtt < 1:3547272/150‑1 (MQ=255) gcctCCGGGAGGAGTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTCTCCTCCCTGGTGCCAGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGCATATGGTGCATCCGGGAGGATTc < 2:4270904/147‑1 (MQ=18) gCATCCGGGAGGATTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctg > 2:396014‑M1/1‑15 (MQ=255) gCATCCGGGAGGATTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctg < 1:396014‑M1/61‑47 (MQ=255) gCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTc < 2:481196/150‑1 (MQ=255) aTCCGGGAGGATTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagctacggatgcaaatggcggtgaggcggggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatactcccttagcaggggagcgccttcagc > 2:3366485‑M1/1‑13 (MQ=255) aTCCGGGAGGATTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagctacggatgcaaatggcggtgaggcggggattcgaaccccggatgaagctattgaccgcatactcccttatcaggggagcgccttcagc > 1:4481983‑M1/1‑13 (MQ=255) gggAGGATTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagct < 1:2856653‑M1/59‑51 (MQ=255) gggAGGATTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagct < 1:3634034‑M1/59‑51 (MQ=255) gggAGGATTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagct > 2:3634034‑M1/1‑9 (MQ=255) gggAGGAACACCCGCCACGCGGCCCCCCCTCCGCGCCCTTGCCCACCCACCGTCATCATCCCTTGTGCCTGCGCTTATTTCCGCCACCTCTTCCAAACCTTCATCGCTGACACTACGAAGTACTTGTTGCATCCGGGAGGATTCGAACCt < 2:1955107/150‑1 (MQ=9) ggaggaTTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagctacggatgcaaatggcggtgaggcggggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatactcccttagcaggggagcgccttcagcctctc < 2:1226432‑M1/150‑143 (MQ=255) ggaggaTTACTCGCCTTGTGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTc < 2:5050960/150‑1 (MQ=255) ggaggaTTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTc > 2:5125346/1‑150 (MQ=255) ggaggaTTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTc < 2:2299170/150‑1 (MQ=255) aggaTTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagctacggatgcaaatggcggtgaggcggggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatactcccttagcaggggagcgccttcagcctctcgg < 2:656154‑M1/150‑145 (MQ=255) aggaTTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagctacggatgcaaatggcggtgaggcggggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatactcccttagcaggggagcgccttcagcctctcgg > 2:853729‑M1/1‑6 (MQ=255) ggaTTcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagctacggatgcaaatggcggtgaggcggggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatactcccttagcaggggagcgccttcagcctctcggc > 2:2322771‑M1/1‑5 (MQ=255) aTTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTg < 1:566457/61‑1 (MQ=40) aTTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTg > 2:566457/1‑61 (MQ=40) tcgaacctccgaccgctcggttcgtagccgagtactctatccagctgagctacggatgcaaatggcggtgaggcggggattcgaaccccggatgcagcttttgaccgcatactcccttagcaggggagcgccttcagcctctcggccacc > 2:1155549‑M1/1‑1 (MQ=255) | GGGAGGATTCGAACCTCCGACCGCTCGGTTCGTAGCCGAGTACTCTATCCAGCTGAGCTACGGATGCATCGGGAAACTTACTTTACTGCAGATTTTTTGATACCGCTACTAAAGCCGTATCAAGTAAGAGATGGTGCATCCGGGAGGATTACTCGCCTTGCGGCTCGCCCTTCGGGCCGTTGCTAAAGCAACGTTATCCTCCCTGGTGCCTGCGGTTATTACCGCCACCTCTTCCATACCTTCATCGCTGAAAGTACGTAGAATATGGTGCATCCGGGAGGATTCGAACCTCCGACCGC > CP009273/2811567‑2811865 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |