| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 245,306 | C→A | 70.7% | pseudogene (1252/1713 nt) | lfhA ← | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 245,306 | 0 | C | A | 70.7% | 292.9 / 259.0 | 276 | pseudogene (1252/1713 nt) | lfhA | pseudogene, flagellar system protein, promoterless fragment; flagellar biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/39); new base A (92/102); total (134/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CAGCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCAGCAACTGGCTGTAATTGAGCGCCGCGCTCAAATCTTCCGCCAGACGCGGTGCCGTCGACGATAAACGGTTATGCAACTGCGTAATATCATCATAGTTAAACAAATCAGGAATATAGCTGC > CP009273/245157‑245452 | cAGCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTc < 1:5022739/150‑1 (MQ=255) aGCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCg < 1:3075160/150‑1 (MQ=255) gCTCCTGCTTGCGAACGAACGGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCgg > 1:5170655/1‑150 (MQ=255) 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gaacgGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTa > 1:3229940/1‑150 (MQ=255) aacgGATGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTac > 1:3842156/1‑150 (MQ=255) tGGGTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTc < 1:4899615/150‑1 (MQ=255) gggTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTCGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCa < 1:1734658/150‑1 (MQ=255) gggTAATGCTGCGCCGCAATGCCAGGCGCACATCGGCCGCCAGCAGAATATGATCTTTCGTCACCGTGCTACTGGCGACCAGCACGGTGGCGATGGTGACGATATCGCGCAGGGAAACGCCTTAGGTCAGCAGCGCCCGGTACACTTTCa > 2:4773625/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |