Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,186,181 | G→C | 57.5% | W205C (TGG→TGC) | yqiJ → | DUF1449 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,186,181 | 0 | G | C | 57.5% | 213.3 / inf | 327 | W205C (TGG→TGC) | yqiJ | DUF1449 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (57/82); new base C (87/100); total (145/182) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 |
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
CTGCGAAGGAAAACTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCT > CP009273/3186034‑3186330 | ggAAAACTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAata > 2:678574/1‑150 (MQ=255) gAAAACTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGCCCCCAAatat < 2:1767456/150‑1 (MQ=255) aaCTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGt > 1:55786/1‑150 (MQ=255) 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atCCCTGCCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTAtcg < 2:1351415/150‑1 (MQ=255) atCCCTGCCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTAtcg < 2:4014687/150‑1 (MQ=255) | CTGCGAAGGAAAACTCACCGATCAATTTGGCCAAATACATTATTTACTACTGGAGCCTGAAGAAGGAAAAATTTTCACTAAAGGAGACAAAGTGTTAATTATTTGCCGACTTTCTGCAACGCGATATTTGGCGGAAAATAATCCCTGGCCCCAAATATTGTAATTTATTAATCAAAAGGAAATTTAATAATGGATGATATTGTTAATTCTGTGCCCTCCTGGATGTTTACCGCAATTATTGCCGTATGCATTCTGTTTATTATTGGAATTATTTTCGCCAGGCTCTATCGTCGCGCT > CP009273/3186034‑3186330 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |