| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 255,301 | G→T | 7.4% | Q171K (CAA→AAA) | phoE ← | outer membrane phosphoporin protein E |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 255,301 | 0 | G | T | 7.4% | 843.5 / 5.3 | 272 | Q171K (CAA→AAA) | phoE | outer membrane phosphoporin protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/124); new base T (30/2); total (146/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.71e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
TTGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGTTGGTATAGGCCCCACTAATGGCGAAATCGCTGCCGCCAAAGTCATATGTCAATGACGTGCCGAAGCCATCGCCGTTTTGCTTTTTAACGTCGCGGTTTTCGTTTTTCCCTTGATATTGCAGGGTTAAGTTCAGGCCATCGATAACGCCGAAGAAGTCGGTGTTCCGATACGTCGCCAGACCGCTGGCGCGTTTGGTCATAAAGTTGTCGGTCTGCGCCGAGGAATCGCCACCAAATTCCGGGAACATATCGGTCCAGGCTTCCACGT > CP009273/255152‑255450 | ttGCAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGTTGGTATAGGCCCCACTAATGGCTAAATCGCTGCCGCCAAAGTCATATGTCAATGACGTGCCGAAGCCATCGCCGTTTTGCTTTTTAACGTCGCGGTTTTCGTTTTTCCCTTGATATTg < 2:4273869/150‑1 (MQ=255) cAGGTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGTTGGTATAGGCCCCACTAATGGCGAAATCGCTGCCGCCAAAGTCATATGTCAATGACGTGCCGAAGCCATCGCCGTTTTGCTTTTTAACGTCGCGGGTTTCGTTTTTCCCTTGATATTTCAg > 2:665570/1‑150 (MQ=255) ggTTCTGCTCGTTGGTGCGATCTGAGTTGGTATAGGCCCCACTAATGGCGAAATCGCTGCCGCCAAAGTCATATGTCAATGACGTGCCGAAGCCATCGCCGTTTTGCTTTTTAACGTCGCGGTTTTCGTTTTTCCCTTGATATTGCAggg < 2:3627705/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |