Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,212,264 | G→T | 34.2% | H58N (CAC→AAC) | aer ← | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,212,264 | 0 | G | T | 34.2% | 556.4 / 291.1 | 341 | H58N (CAC→AAC) | aer | fused signal transducer for aerotaxis sensory component/methyl accepting chemotaxis component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/116); new base T (62/55); total (170/171) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
TTCCCTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGG > CP009273/3212117‑3212413 | ttCCCTCGCGCACCATCGGTACCGCATGGGCCCGCACCCAATAATGGTAACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTTAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGAc < 1:1830324/150‑1 (MQ=255) tCCCTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACg < 2:778909/150‑1 (MQ=255) tCCCTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACg > 1:3386262/1‑150 (MQ=255) cTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCAc > 1:4940223/1‑150 (MQ=255) tCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCAcc > 2:4612141/1‑150 (MQ=255) cACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCAtgtt < 1:4666667/150‑1 (MQ=255) cATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTtgtg > 1:4244561/1‑150 (MQ=255) ggTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGc > 1:1120047/1‑150 (MQ=255) ggTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGc > 2:5194666/1‑150 (MQ=255) gTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACTATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCt > 2:5252662/1‑150 (MQ=255) gTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCt < 2:3228357/150‑1 (MQ=255) gTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCt < 2:4774426/150‑1 (MQ=255) cGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGccc > 1:2391336/1‑150 (MQ=255) cGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGccc < 1:1989865/150‑1 (MQ=255) gCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCACAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCt > 1:4783071/1‑150 (MQ=255) cATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCtt < 1:2572905/150‑1 (MQ=255) aTTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTg < 1:1734355/150‑1 (MQ=255) aTTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCGTg > 2:1781319/1‑150 (MQ=255) 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ccAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCaa > 2:2318536/1‑150 (MQ=255) ccAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCaa > 1:4088694/1‑150 (MQ=255) aataatGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAgg > 1:3080467/1‑150 (MQ=255) taatGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGta < 1:1775104/150‑1 (MQ=255) aatGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGtat > 2:2832235/1‑150 (MQ=255) 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tttttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAgtg < 2:3770114/150‑1 (MQ=255) ttttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAgtgt > 2:1928923/1‑150 (MQ=255) ttCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCa > 2:3947889/1‑150 (MQ=255) cACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCAtt < 2:4506698/150‑1 (MQ=255) aCGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTa > 1:1587832/1‑150 (MQ=255) aCGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTa < 2:2993091/150‑1 (MQ=255) cGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAg < 1:104998/150‑1 (MQ=255) cGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAg < 2:5042365/150‑1 (MQ=255) gATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCAGTAGc > 1:648657/1‑150 (MQ=255) gATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGGATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGc > 1:4703223/1‑150 (MQ=255) 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gCATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCgggg > 1:1627804/1‑150 (MQ=255) cATATCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGt < 1:1467029/150‑1 (MQ=255) atatCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTa < 2:3178456/150‑1 (MQ=255) atatCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTa > 2:2500918/1‑150 (MQ=255) atatCCGGGTTACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTa > 2:630510/1‑150 (MQ=255) 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ccGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTAtttt < 1:2994030/150‑1 (MQ=255) gACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTggg < 2:4603614/150‑1 (MQ=255) | TTCCCTCGCGCACCATCGGTACCGCATTGGCCCGCACCCAATAATGGTCACCATTTTTGCGGCGATTTTTCACGATGCCGCTCCAGGGCTCCCCTTTTTTCAGGGTGAACCACATATCCGCAAACGCCGCTTTTGGCATATCCGGGTGACGCACCATGTTGTGCGGCTGCCCTTGTAACTCTTGCAAGGTATAGCCGCTCACCTGCACAAAAGTGTCATTAGCATGAGTGATATAGCTTTGCAGATCGGTAGTGGACATCAGAGTGGTATCGTCCGCCAGCGGGGTATTTTGCTGGG > CP009273/3212117‑3212413 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |