| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,238,152 | C→T | 8.8% | intergenic (‑52/‑311) | uxaC ← / → exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,238,152 | 0 | C | T | 8.8% | 942.3 / 52.5 | 285 | intergenic (‑52/‑311) | uxaC/exuT | uronate isomerase/hexuronate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (128/132); new base T (16/9); total (144/141) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
GGTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAA > CP009273/3238004‑3238301 | ggTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACa < 1:663673/150‑1 (MQ=255) aaTCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAg < 2:5316201/150‑1 (MQ=255) tCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGtt < 1:2877317/150‑1 (MQ=255) 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cTGATAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTTAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTa < 1:4163318/150‑1 (MQ=255) cTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTAAGGTAATGTCCCTa < 2:2157733/150‑1 (MQ=255) | GGTAATCGAAAATCGGCTGGTCTTTTGCGTAGTCGTGATACAGACGGCGGGCAAATTCGGTATCTAACAGGAAATCTTCAGTCATAAACGGAGTCATTTTCGTCTTCCTCTCAACGAGTGAGCTAGCTTGCTTATGGTGCGATGCTGACAAAGTTATCACACCAATTTCCAGAGTCCGAAGATATTTTCGTGAGTTAGATCAATAAACGTAGTTAAAAAAATTACTCTCAAAGTGGTAAATCTCGCTGCAGGCCGCGCCAGTACTGGCCTTGCTGTCGTCAGGTAATGTCCCTACAAA > CP009273/3238004‑3238301 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |