Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP009273 | 257,734 | A→T | 12.5% | Q174L (CAG→CTG) | proA → | gamma‑glutamylphosphate reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 257,734 | 0 | A | T | 12.5% | 877.8 / 92.6 | 308 | Q174L (CAG→CTG) | proA | gamma‑glutamylphosphate reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (137/132); new base T (20/19); total (157/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
CGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGTATAGGCG > CP009273/257585‑257883 | cGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCa > 1:1012824/1‑150 (MQ=255) gTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAg < 1:4687424/150‑1 (MQ=255) tGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAgg < 2:2269243/150‑1 (MQ=255) tGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAgg > 1:2340046/1‑150 (MQ=255) cGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGa > 2:129822/1‑150 (MQ=255) ggTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGAt > 1:4977572/1‑150 (MQ=255) gtagATCTCGCATCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGAGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGTCGGAGATTCAGGACGCCAAGAAATCATGCGCCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGagt > 2:2480655/4‑148 (MQ=255) gTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAAt < 1:4970158/150‑1 (MQ=255) 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gctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCg > 1:177967/1‑150 (MQ=255) gctGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCg > 1:2414277/1‑150 (MQ=255) tgCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTgcg < 2:305333/150‑1 (MQ=255) tgCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTgcg < 2:818742/150‑1 (MQ=255) ccTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCt > 1:966677/1‑150 (MQ=255) 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tACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGa < 2:4157940/150‑1 (MQ=255) aCCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGAt > 1:140535/1‑150 (MQ=255) ccGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATc < 2:3328742/150‑1 (MQ=255) ccGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATc > 1:3582114/1‑150 (MQ=255) cggcggGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATca > 1:4242251/1‑150 (MQ=255) cggcggGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATca < 1:1626898/150‑1 (MQ=255) gggTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAgg > 2:1600149/1‑150 (MQ=255) ggTGCCGAGCAGGCGATTGATAATCCAGAACGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAAAACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCACGGTGATCACAggt > 1:2767734/1‑150 (MQ=255) gCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAggtggt < 2:3014762/150‑1 (MQ=255) cGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGtat > 2:607084/1‑150 (MQ=255) cGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGtat > 2:2888532/1‑150 (MQ=255) gTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGtata < 1:3834121/150‑1 (MQ=255) gTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGtata > 2:2880772/1‑150 (MQ=255) tGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGTATAg < 2:3920948/150‑1 (MQ=255) gCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGTATAgg > 2:3193036/1‑150 (MQ=255) cAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGTATAGGc > 1:1612107/1‑150 (MQ=255) cAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGTATAGGc < 2:4120248/150‑1 (MQ=255) | CGTGACGGTTGATGTCGCTTCGCTGTGCCTGAAAACCGGTAATGCGGTGATCCTGCGCGGTGGCAAAGAAACGTGTCGCACTAACGCTGCAACGGTGGCGGTGATTCAGGACGCCCTGAAATCCTGCGGCTTACCGGCGGGTGCCGTGCAGGCGATTGATAATCCTGACCGTGCGCTGGTCAGTGAAATGCTGCGTATGGATAAATACATCGACATGCTGATCCCGCGTGGTGGCGCTGGTTTGCATAAACTGTGCCGTGAACAGTCGACAATCCCGGTGATCACAGGTGGTATAGGCG > CP009273/257585‑257883 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |