Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,402,321 | C→A | 13.6% | I452I (ATC→ATA) | panF → | pantothenate:sodium symporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,402,321 | 0 | C | A | 13.6% | 959.7 / 81.0 | 301 | I452I (ATC→ATA) | panF | pantothenate:sodium symporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (104/156); new base A (14/27); total (118/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
CTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGTACCTGGGCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCAACTGAAACTGAACACCACCGGCGCGAAC > CP009273/3402172‑3402470 | cTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGTACCTGGGCTTCCACCCTATc < 1:1605708/150‑1 (MQ=255) cTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGTACCTGGGCTTCCACCCTATc > 1:4302504/1‑150 (MQ=255) cTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGTACCTGGGCTTCCACCCTATc < 1:4393344/150‑1 (MQ=255) 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ttCAGTACCTGGGCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCaact < 2:4723892/150‑1 (MQ=255) tCAGTACCTGGGCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCaactg > 2:3640975/1‑150 (MQ=255) tACCTGGGCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCaactgaaac > 2:600657/1‑150 (MQ=255) tACCTGGGCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCaactgaaac < 2:4898586/150‑1 (MQ=255) aCCTGGGCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCaactgacact > 1:3001503/1‑150 (MQ=255) ccTGGGCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCaactgaaactg > 1:1698038/1‑150 (MQ=255) tGGGCTTCCACCCTATAGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCAactgaaactgaa > 1:4636325/1‑150 (MQ=255) ggCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCAACTGAAACTGAaca < 2:4088254/150‑1 (MQ=255) gCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCAACTGAAACTGAacac > 2:2479186/1‑150 (MQ=255) cTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCAACTGAAACTGAAcacc > 1:4218469/1‑150 (MQ=255) 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aTCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCAACTGAAACTGAACACCACCGGCGCGa > 2:3517429/1‑150 (MQ=255) tCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCAACTGAAACTGAACACCACCGGCGCGaa > 2:3722954/1‑150 (MQ=255) | CTGGAAGCCGTTTTCCTGTGGCCGCTGGTGCTGGGTCTTTACTGGGAACGCGCCAACGCCAAAGGCGCGCTAAGTGCGATGATCGTTGGCGGCGTGCTGTATGCCGTACTCGCGACGCTGAATATTCAGTACCTGGGCTTCCACCCTATCGTGCCCTCGTTACTACTAAGTTTGCTGGCTTTCCTGGTCGGAAACCGTTTCGGTACATCCGTCCCGCAAGCTACCGTTTTGACTACTGATAAATAAAGAGTTTTGCCATGCCTTGGATCCAACTGAAACTGAACACCACCGGCGCGAAC > CP009273/3402172‑3402470 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |