Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,407,007 | G→A | 100% | intergenic (‑183/‑216) | acrS ← / → acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,407,007 | 0 | G | A | 98.7% | 1259.5 / 3.2 | 380 | intergenic (‑183/‑216) | acrS/acrE | acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base A (202/173); total (205/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 381 total aligned reads displayed.
AGTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAGGTTTTAATTCTGCCTCTTTCAACCCGCGTCAAAATAAAACAGTAGAATATTAATCTTTTTTTGTGTTTATGTGCCTTGAGATGCCTGTATTCATAACTATTCCTTACATCGACGAATGATAATTTGTAGGATAGCGAACTGTATTTTTC > CP009273/3406861‑3407156 | gTGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGttt < 1:2851414/150‑1 (MQ=255) tGAGAAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACATTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGtttt > 1:4242769/1‑150 (MQ=255) gagaAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACCTTCACTACATCAATATATATTTCAATTTACGAAGTTTTa > 2:1675062/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |