| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,415,112 | C→A | 10.6% | G143G (GGC→GGA) | yhdY → | putative amino‑acid transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,415,112 | 0 | C | A | 10.6% | 1033.8 / 58.4 | 323 | G143G (GGC→GGA) | yhdY | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (157/130); new base A (15/21); total (172/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
CACGACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGCTCTTGAGCGGGTTGAAACCCGGCAATGGGGCGGGCTGACGCTAACTTTAATTATTGCATCAGTTGGGATTGCGGGGGCGCTACCGTGGGGGATCTTACTGGCGTTAGGTCGCCGCTCCCATATGCCGATTGTGCGTAT > CP009273/3414963‑3415261 | cacGACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGGTGATGTATGGc > 1:900700/1‑150 (MQ=255)cacGACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGAACGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGGGATTTACCCACAGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGc > 2:435042/1‑150 (MQ=255) acGACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCg < 1:3662289/150‑1 (MQ=255) gACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGt > 2:3783644/1‑150 (MQ=255) gACCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCGATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGAGGt > 1:559209/1‑150 (MQ=255) aCCATCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTTCTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGATATATTGCGGCCTGGTCGGTGTTTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGtt < 1:3166795/150‑1 (MQ=255) aCCAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGtt > 1:2849944/1‑150 (MQ=255) cAACGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGtttt > 2:3549384/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATCTTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGGCTGGTGGCTGATGTATGGCGGttttt > 2:5009428/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGttttt < 1:1258069/150‑1 (MQ=255) aaCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGttttt > 2:1764489/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACGGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGttttt > 1:1325468/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTg < 2:1621846/150‑1 (MQ=255) cTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGc > 2:1942741/1‑150 (MQ=255) cTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGc > 2:2525923/1‑150 (MQ=255) cTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTGc > 1:3442412/1‑150 (MQ=255) cTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTACCCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGAGGTTTTTTTGc > 2:72910/1‑150 (MQ=255) cTGGCGAATTAACCTCGCATTACTGATTGGGCTTGTGTCGATCGCACCAATGTTCTGGAAAATACTCCCGCATCGCGGTCGCTATATTGCGGCCTGGGCGGTGATTTAACCACTGATTGTCTGGTGGCTGATGTATGGCGGTTTTTTTgg > 1:3608014/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |