| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,415,702 | T→A | 28.4% | L340Q (CTG→CAG) | yhdY → | putative amino‑acid transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,415,702 | 0 | T | A | 28.4% | 505.9 / 252.2 | 310 | L340Q (CTG→CAG) | yhdY | putative amino‑acid transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (125/97); new base A (56/32); total (181/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.12e-01 | |||||||||||
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCAAT > CP009273/3415553‑3415851 | ggCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGAGACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGa > 1:390946/1‑150 (MQ=255) tGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCt > 2:4606111/1‑150 (MQ=255) tGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCt < 1:2257223/150‑1 (MQ=255) 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aaTACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTgg < 2:2136429/150‑1 (MQ=255) tACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAt < 2:1256159/150‑1 (MQ=255) tACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAt < 1:3825192/150‑1 (MQ=255) aCCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtc > 2:2983754/1‑150 (MQ=255) catcatCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtctt < 2:1977893/150‑1 (MQ=255) catcatCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtctt > 2:4747339/1‑150 (MQ=255) tcatcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGAtcttct < 2:4010524/150‑1 (MQ=255) catcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTCTTCGATCTTTTCAGAAGCGATAAGCATTCAACCGTAGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAATGGTATGTTTTCGCCGCGCAGAACAACTGGATCTTCTg > 1:1455977/1‑150 (MQ=255) atcGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGt > 1:5219983/1‑150 (MQ=255) cGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGttt > 2:928341/1‑150 (MQ=255) 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ccTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCa > 1:4086652/1‑150 (MQ=255) cTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAg < 1:5112575/150‑1 (MQ=255) cTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAg > 2:4267447/1‑150 (MQ=255) tGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGt > 1:4842369/1‑150 (MQ=255) ggTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTa < 1:2395729/150‑1 (MQ=255) 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aaGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatg > 1:3693270/1‑150 (MQ=255) aaGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatg > 2:2866647/1‑150 (MQ=255) aGGGTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatga > 2:1959077/1‑150 (MQ=255) gggTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatgat > 1:2703327/1‑150 (MQ=255) gggTATGTTTTCGCCGCGCAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCgatgat < 1:4487306/150‑1 (MQ=255) 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cgcAGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTc > 1:173333/1‑150 (MQ=255) tGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCAAt < 1:3097722/150‑1 (MQ=255) | TGGGCTGGTAAATACCATCATCGCACTCTTCAAAGATACCAGCCTGGTGATCATTATCGGGTTGTTCGATCTTTTCAGTAGCGTTCAGCAGGCAACCGTTGATCCCGCCTGGTTGGGTATGTCGACGGAAGGGTATGTTTTCGCCGCGCTGATCTACTGGATCTTCTGTTTCAGCATGTCGCGCTATAGCCAGTATCTGGAAAAACGTTTTAACACCGGGCGTACACCGCATTGAGGACACTATGAGCCAAATTTTACTGCAACCTGCTAACGCGATGATTACGCTGGAAAACGTCAAT > CP009273/3415553‑3415851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |