| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,449,105 | C→A | 5.1% | Q57K (CAG→AAG) | gspC → | general secretory pathway component, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,449,105 | 0 | C | A | 5.1% | 1276.3 / 7.4 | 358 | Q57K (CAG→AAG) | gspC | general secretory pathway component, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (138/188); new base A (29/2); total (168/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
CTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTT > CP009273/3448957‑3449254 | cTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGACATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTATATATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCa < 1:385995/150‑1 (MQ=255) cATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTTCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCAATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTAAGTCt < 2:2885152/150‑1 (MQ=255) tCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGa < 2:2619686/150‑1 (MQ=255) 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aaaCGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAAtgatga > 1:1021502/1‑150 (MQ=255) aaaCGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAAtgatga > 2:676208/1‑150 (MQ=255) aaaCGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAAtgatga > 1:5222582/1‑150 (MQ=255) aaCGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATgag < 1:4061347/150‑1 (MQ=255) gCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGAct > 2:2141173/1‑150 (MQ=255) aTTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGActtc < 2:2904366/150‑1 (MQ=255) aTTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGActtc < 1:4507577/150‑1 (MQ=255) aTTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGActtc < 1:2385184/150‑1 (MQ=255) ttCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGActtctt < 2:4966662/150‑1 (MQ=255) ttCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGActtctt > 1:3623787/1‑150 (MQ=255) tCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCttt < 2:1556863/150‑1 (MQ=255) cAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCtttt > 1:2001474/1‑150 (MQ=255) | CTTCCATCTGGCGAATCATAATAAAGATGCTGCCATCAATATATTGATTATATTTATAAGCATAGGGTCGATTATTTTTAATGTGAATTATTTCCATACAACTATAGTTAAAAATGGACAGATCATTAATCAACCAACAAACGCATTTCAGTCTGATTTCAGCCTTGCCGCTTTATGGCGTAACGAAAATCATGCTGGGGTAAAAGATGCAAATCCCGTGGCAGTTAATCAGGAAACACCTAAGCTCTCTATAGCGCTTAATGGCATTGTACTCACATCGAATGATGAGACTTCTTTT > CP009273/3448957‑3449254 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |