| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 280,968 | G→T | 60.6% | intergenic (+89/‑138) | yagF → / → yagG | CP4‑6 prophage; dehydratase family protein/CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 280,968 | 0 | G | T | 60.6% | 75.7 / inf | 286 | intergenic (+89/‑138) | yagF/yagG | CP4‑6 prophage; dehydratase family protein/CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/52); new base T (109/65); total (169/117) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
ATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTA > CP009273/280821‑281117 | aTGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGat > 1:93036/1‑150 (MQ=255)aTGACACCGATAAAATAATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAAGTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGatat < 1:3842326/150‑1 (MQ=255) gACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGatat > 2:1196665/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |