| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 282,700 | G→T | 6.9% | P67P (CCG→CCT) | yagH → | CP4‑6 prophage; putative xylosidase/arabinosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 282,700 | 0 | G | T | 6.9% | 923.1 / 22.8 | 259 | P67P (CCG→CCT) | yagH | CP4‑6 prophage; putative xylosidase/arabinosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/130); new base T (9/12); total (117/142) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CGCCAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCCGGCGGCATCTGGGCGCCGTGCCTGAGCTACGCCGACGGTAAATTCTGGCTGCTCTACACCGACGTGAAGATTGTCGACTCGCCGTGGAAAAACGGCCGCAACTTCCTCGTCACCGCGCCCTCCATCGAGGGGCCATGGAGCGA > CP009273/282554‑282849 | gccAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACt > 2:3880236/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTc > 1:234830/1‑150 (MQ=255) aGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGACAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCcg > 2:5219369/1‑150 (MQ=255) aGGGCGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCcg > 2:4537340/1‑150 (MQ=255) cGAGGACTACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGACGGGCAACCCGGACTCcggcgg > 2:1119547/1‑150 (MQ=255) gACAACTACATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCCGGCGGCATc > 1:4202908/1‑150 (MQ=255) ctactaCATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCCGGCGGCATCTg < 2:321448/150‑1 (MQ=255) tactacATCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCCGGCGGCATCTgg < 1:2932041/150‑1 (MQ=255) 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tCGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCCGGCGGCATCTGGGCGCCGt < 2:4756208/150‑1 (MQ=255) cGCCACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCCGGCGGCATCTGGGCGCCGTg > 2:4212430/1‑150 (MQ=255) cACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCTGACTCCGGCGGCATCTGGGCGCCGTGCCt > 1:2222083/1‑150 (MQ=255) cACCTCGACCTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCGGACTCCGGCGGCATCTGGGCGCCGTGCCt > 1:1946944/1‑150 (MQ=255) ccTTCGAGTGGTTCCCGGGCGTGCGCATCTACCACTCCCGTGACCTGAAAAACTGGTCGCTGGTCAGCACCCCGTTGGACCGCGTGTCGATGCTGGACATGAAGGGCAACCCTGACTCCGGCGGCATCTGGGCGCCGTGCCTGAGCTACg > 2:2499910/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |