| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,565,147 | A→T | 10.1% | F572L (TTT→TTA) | glgB ← | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,565,147 | 0 | A | T | 10.1% | 993.0 / 74.7 | 330 | F572L (TTT→TTA) | glgB | 1,4‑alpha‑glucan branching enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (136/160); new base T (10/24); total (146/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.08e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
TCAAAATCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTCGTTACCCATGAACAGTAGTTTCTTGCCCGGGAATGCCCACATCCAGCCATAGTAGGCGCGCAGGTTCGCGAATTTCTGCCATGCGTCGCCCGGCATGCGGTCGAGAATCGATTTTTTACCGTGGACCACTTCATCATGCGACAA > CP009273/3564998‑3565296 | aaTCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGAGAGGTTCAGAACGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAAtt > 2:1741847/1‑150 (MQ=255) aTCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTc < 2:4280152/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTc < 1:880868/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTc < 2:1046833/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTc < 2:2168000/150‑1 (MQ=255) tCCAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCTAATTCg < 1:4933024/150‑1 (MQ=255) cAGTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTCGtt < 1:644924/150‑1 (MQ=255) gTTCATGCATTGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTCGTTAc < 2:1551556/150‑1 (MQ=255) 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tGCTTTATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTCGTTACCCATGAACag < 2:2475932/150‑1 (MQ=255) tttATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTCGTTACCCATGAACagtat < 1:2743577/150‑2 (MQ=255) ttATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTCGTTACCCATGAACagtagt < 1:1081695/150‑1 (MQ=255) tATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCTAATTCGTTACCCATGAACAGTAGtt > 1:480202/1‑150 (MQ=255) tATGGTGGCGGTAGGTGAGGTTCAGATCGCGCACCAGACGCTGGACACCGTGGTGCCAGTTATCGCCGCCTTCCAACAGATGCCAGTCGAGGCTGGCGTCATGGTTCCACTCGCGGCCCTGGGCAAATTCGTTACCCATGAACAGTAGtt > 1:4544020/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |