| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,575,032 | C→A | 100% | intergenic (+46/‑191) | yhhY → / → yhhZ | putative acetyltransferase/putative Hcp1 family polymorphic toxin protein; putative colicin‑like DNase/tRNase activity |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,575,032 | 0 | C | A | 98.1% | 1250.8 / 9.9 | 389 | intergenic (+46/‑191) | yhhY/yhhZ | putative acetyltransferase/putative Hcp1 family polymorphic toxin protein; putative colicin‑like DNase/tRNase activity |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/3); new base A (169/212); total (174/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
GTCTATAAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATCGACATACCTTCCTTTAAGGTATTTATTTGCCCAATACATATATTGAGATTTAACTCATAATTACTTCCTAAAGTGTAATATTTTATTTTTTAATATATACGCCTACAATTTCCTGGAGTAAATAAATAACAATTAACAAGCATAAT > CP009273/3574885‑3575178 | tCTATAAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGAc < 2:5276323/150‑1 (MQ=255) cTATAAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACa < 1:3893532/150‑1 (MQ=255) tataAAAAATACGGCTTTGAAATTGAAGGGACTGGTAAGAAGTACGCATTGCGTAATGGTGAATATGTCGATGCATATTATATGGCGCGGGTGAAGTAAGATAGTGCCCTTTTTCTGAGATGGAAAAAGGGTGTCATTCAAAATAGACAt < 1:3922061/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |